孫堅死后，其子孫策（濮存昕飾）謀求大業，身居袁術帳下。孫策勝仗連連，居功至偉，但袁術生怕功高蓋主，對孫策異常冷落。孫策與遺臣程普、黃蓋商議后，決定用傳國玉璽跟袁術換得兵馬，進兵江東，力圖大業。在進兵途中，孫策遇到了結拜兄弟周瑜（洪宇宙飾），兩人決定合兵一處。孫策與周瑜商議先收攬江東才俊，然后攻陷劉繇。一翻大戰之后，孫策人才盡覽，立足江東，袁術悔之晚矣。

白夜團利用民眾游行包圍了雷門公司，但他們真正的目的則是片助的科學忍具研究所。當大家的注意力全被雷門公司吸引時白夜團搶走了研究所的忍術資料，鹿臺意識到這一點后立即與博人等人趕了過去，他們依靠片助的跟蹤器找到了白夜團，在同伴們的掩護下鹿臺和博人追了上去，他們能阻止白夜團的陰謀嗎？

伎璃想要成為和父親一樣偉大的村長，想要守護綠之畔的她決定獨自攬下一切重擔，但絲毫不與他人商量的性格導致了如今的局面。接受村民的請求，第七班帶著大橋的所有權證前去解救伎璃，博人、佐良娜和巳月相互配合，他們用團結的力量戰勝了敵人，在這次的事件中不管是伎璃還是博人都獲益匪淺。

被神秘力量附身的志乃爆發了所有的負面情緒，他放任蟲子肆意攻擊，在暴走的老師面前博人一行連逃跑都非常吃力。鹿臺從一開始就不信任巳月，為了打敗老師他提議讓巳月來擔當誘餌，但這卻遭到了博人的反對，博人準備在不犧牲任何人的情況下解決事件，包括想要至他們于死地的志乃老師。

四代水影矢倉曾經用恐懼支配著村子，而神樂是矢倉的孫子，他一直認為自己體內流淌著劊子手的血，為此他放棄了繼承忍刀七人眾的稱號只愿輔佐長十郎，和博人相識改變了這一切。神樂下定決心繼承雙刀鲆鰈，并立志將其用于和平。但干柿尸澄真的出現讓這一切有了變數，他利用神樂的心理陰影推動反叛。