追蹤光彥而來到群馬縣山中的柯南他們，得知一名連續(xù)殺人犯逃入了同一森林中。沿著小河走的光彥與推理中的柯南用偵探徽章呼叫他時，光彥被殺人犯逮著。哀告訴柯南沼淵原來是組織的成員。柯南正要告訴哀光彥來此的目的時，光彥的徽章聲音迫近了。終于在眾人找到光彥的時候驚訝的發(fā)現(xiàn)他和光彥在一起！原來兩人都只是為了來看螢火蟲。

帶著小蘭抽到的一張餐飲招待券，柯南一行人來到中華街的一家餐廳，并在那里與剛結(jié)識的幾名電影相關(guān)人士同一桌吃飯，只是沒有想到坐在柯南旁邊的川端突然毒發(fā)身亡，之后，警方介入調(diào)查但并未從川端的衣物上檢查出毒物反應(yīng)，反而從他使用的盤子和毛巾上測出毒物，警官便因此懷疑坐在死者身邊的小五郎。而另一邊，身體不適的小蘭也不知所為何事而心事重重。

朱蒂向小蘭和園子坦白了自己FBI的身份，而朱蒂還向小哀提議加入證人保護計劃。另一方面從學(xué)校回來的路上步美與柯南他們分手后徑自往家走。突然她和一個穿雨衣的男人撞在一起并倉皇離去，而這個人卻是殺人嫌疑犯！在警方的調(diào)查中步美說出手上發(fā)現(xiàn)了一個類似""5""似的記號，而這個記號究竟又是什么意思呢？

小五郎受委托調(diào)查游戲軟件工程師板倉死亡。目暮警官斷定是心臟病發(fā)作的殺人事件。小五郎懷疑三名委托人是嫌疑犯，但沒有證據(jù)。柯南為了得到記錄著黑色組織線索的被害者日記磁片，急于解決事件。但一直沒有機會。而在案件調(diào)查方面最終在看到不自然的圍棋盤之后柯南得知死者留下的死前訊息并指出了兇手的所在。

柯南等人通過電訊公司查到了三個可疑人士，之后，他們又分別向當(dāng)時不明人打電話的出處進行確認，最終將目標(biāo)鎖定在一家以推理家命名的店，店主說當(dāng)時打電話的是一個帶著墨鏡常來光顧的客人，于是，柯南等人迅速趕往此處，正巧遇到了這名客人，就在小五郎要上前詢問時，柯南將他麻醉，把事情的來龍去脈說的一清二楚，并利用小孩子的身份，從墨鏡男口中騙取了這個手機的號碼，警方順藤摸瓜，找到了手機主人的住處，還發(fā)現(xiàn)了有關(guān)賄賂的賬簿。