小五郎為錄制日賣電視臺(tái)的旅游節(jié)目來(lái)到了宮島，然而在拍攝期間，制作單位的工作人員卻接二連三發(fā)生奇怪的事件，柯南發(fā)現(xiàn)這些案件的發(fā)生與宮島七大不可思議傳說(shuō)相對(duì)應(yīng)。途中，大家結(jié)識(shí)了紅葉饅頭店彌山屋的彌生小姐，并且得知四處調(diào)查工作人員的神秘男子似乎就是她的哥哥紳六，紳六在尋找兩年前跌落懸崖死亡的雙親后就突然消失，難道這件事與日賣工作人員有什么關(guān)聯(lián)？

對(duì)時(shí)鐘狂熱的保科琉璍子在自己的身日宴會(huì)上被刺身亡。在調(diào)查來(lái)賓是古垣透露出犯人肯能是個(gè)胖子的證詞，而在調(diào)查了所有客人后并沒(méi)有發(fā)現(xiàn)符合猜想的嫌疑人。在聽(tīng)到大時(shí)鐘的零點(diǎn)報(bào)時(shí)后柯南發(fā)現(xiàn)了犯人利用報(bào)時(shí)的大時(shí)鐘的殺人手法和兇手的身份。兇手最終承認(rèn)了因?yàn)闉楹糜褕?bào)仇而殺人的事實(shí)。

阿笠博士的金龜車在半路拋錨，導(dǎo)致他和灰原只能在路邊等便車，碰巧這時(shí)來(lái)了一輛前往東京的車子，車主是一對(duì)古怪的情侶，并且灰原還在車內(nèi)發(fā)現(xiàn)了彈孔和血跡，更恐怖的是她聽(tīng)到這對(duì)情侶說(shuō)要找到柯南把他弄個(gè)半死之類的話，驚恐的灰原趁機(jī)打電話向柯南求救，沒(méi)想到一直按照柯南指示的她竟然被這對(duì)情侶抓個(gè)正著，這兩個(gè)人是黑暗組織成員嗎？柯南又是出于什么原因讓灰原和博士乖乖被抓？

就在步美、元太他們因?yàn)槊魈炜床坏狡诖那騿T上場(chǎng)而唉聲嘆氣時(shí)，結(jié)識(shí)了一個(gè)名叫代田恭三的男人，他將對(duì)明天無(wú)限憧憬的正能量傳達(dá)給了少年偵探團(tuán)，大家也因此變的積極起來(lái)，但柯南卻察覺(jué)到這個(gè)人的異常，果不其然這個(gè)看似充滿希望的人卻企圖臥軌自殺，這到底是為了什么？小蘭誤接了“紅色長(zhǎng)袖t恤之謎”的委托，于是，柯南和小五郎一起去百貨公司會(huì)見(jiàn)委托人，不想?yún)s在這里遇到……

根據(jù)巖石上的暗號(hào)以及死者潛水表上刻意抹去的字，步美、光彥和元太三人展開(kāi)了討論，雖然沒(méi)有揭示出這些信息的含義但柯南和沖矢昴卻從他們那里得到了啟示，就在與死者一起潛水的三個(gè)同伴吵鬧著要離開(kāi)一角巖時(shí)，警察卻在柯南的提醒下找到了殺人犯，沒(méi)想到兇手竟然以步美為人質(zhì)想要逃脫抓捕，所幸沖矢昴出手相救，然而這個(gè)成為大家英雄的人卻總給灰原一種無(wú)形的壓迫感。