電視臺為了舉辦一場東西推理大對決，便邀請小五郎和服部一起來沖繩島。之后大家與電視臺的工作人員事先搭船到發現不明男尸與詭異文字的無人島，考察完畢準備返回時，卻在海灘上發現了被不明人士殺害的工作人員之一平良小姐，而在她的身旁還留下了一行讓人不快的字句，就在服部和柯南進行推理時，送他們來的船只和船長也消失了蹤影。

為了送灰原去看病的柯南和阿笠博士，在東都百貨商店的地下停車場里遇到了殺人事件。被害者是和另三位擁有保時捷車的朋友打完高爾夫回去途中遇害的。目暮警官對這三個人進行了詢問后發現三個人在案發時侯都有不在場證明。但是看到三個人的保時捷車內的照片后的柯南發現了事情的真相。借助園子，柯南向眾人揭露了事件的真相。而兩名神秘也似乎找到了灰原所在之處？！

小五郎、柯南和小蘭接受工務店社長河井的款待，來到屋形船。河井包下了整艘船，加上另外一位客人山崎后，小船出港了。小船停在了米花港的中段位置，柯南他們一邊欣賞著對岸的夜景與焰火，一邊品嘗美味佳肴；而河井與山崎則在船頭釣魚。熱衷于釣魚的山崎脫去襯衫，擺出跑步的姿勢，赤腳握著釣魚竿。。煙火大會第一部結束，夜空變黑的時候發現倒下的河井與山崎。河井尚有意識站起，而山崎則觸電死亡。

小五郎帶著小蘭和少年偵探團的孩子們來到被稱為地球遺產的人造木屋的集落·鬼澤鄉去觀光。這個村莊里最近流傳著小孩幽靈的傳言。而到了夜里，柯南他們為了確認幽靈而出去散步的時候，步美卻和少女幽靈相遇了暈了過去！而對于步美的發現村子里的人卻極力否認，到底是幽靈少女還是真有其人？

無法渡海，大家只能暫時待在鎮長家的廢棄別墅里，然而干坐在這里等救援還不如對這棟房子進行一番調查，于是 ，大家就分組行動，柯南和服部等人在一樓的房間里發現了鎮長和他女兒的照片以及房梁上一些莫名其妙的文字，突然間，二樓傳來慘叫，久米不知為何在看到鎮長女兒的肖像油畫后就變的很反常，這時，救援船趕來，可船上卻只有一具船長的尸體和一行字句，事情變得越來越奇怪了。