這時，二樓傳來老師們的慘叫，柯南和小蘭跑上去發(fā)現(xiàn)下田被人勒死，柯南立即開始找兇器，但并未找到，唯一能確定的是，兇手就在中村、米原和坂井之間，接下來的搜尋中，柯南在下田脖子上發(fā)現(xiàn)了頭發(fā)，兇手就是那個人！可是該通過誰之口揭穿兇手呢，園子昏睡不了解案情，正值苦惱之時，他想到以工藤的的身份讓小蘭用便攜電話說出真相，而小蘭卻在得知真相后痛哭不已。

少年偵探團到商場看假面超人秀。在回去的路上，元太為了拿回忘在商場里的假面超人簽名被關(guān)在了已經(jīng)打烊的店里。誰知外表看似寂靜的百貨公司實際上卻一點也不安靜。戴著面具的人偶挾持了警衛(wèi)和工作人員！看似單純的強盜事件幕後竟還有共犯。遇上了強盜集團的少年偵探團正陷入極度的危險之中！最終少年偵探團的孩子們成功的化解了百貨公司的危機。

柯南、小五郎和小蘭驅(qū)車去北海道看丹頂鶴，偶然認(rèn)識了飼養(yǎng)丹頂鶴的大伯，他邀請柯南他們?nèi)プ约杭胰胱。蟛牡艿馨⒈崆檎写麄儯驮谶@個時候大伯的兒子阿浩和女兒則子為財產(chǎn)的事兒而來。之后，柯南等人一起去泡了溫泉，回到屋子的時候發(fā)現(xiàn)大伯被人用十字弓射殺，而阿浩則跑去警局自首，但柯南依據(jù)自己對現(xiàn)場的勘查認(rèn)為兇手另有其人。

柯南和伙伴們?nèi)ッ佬g(shù)館時撿到了一張畫有奇怪符號的紙，大家自行成立少年偵探團去調(diào)查這些暗號，按照符號的指示先到達東京塔，在周圍展開偵查卻一無所獲，休息的時候步美的新發(fā)現(xiàn)為柯南找到破解暗號的出口，大家一路尋找從東京鐵塔到南部水族館的標(biāo)記，然而，事情并非那樣順利，柯南能破解暗號嗎？暗中跟蹤少年偵探團的黑衣人又是誰？

園子、小蘭和柯南三人一起參加搖滾樂團雷克斯的慶功宴，卡拉OK包廂內(nèi)，大家都因雷克斯樂團將要解散而面露悲傷，在主唱達也演唱完《血紅的維納斯》后，中毒猝死，在場的人都有作案的嫌疑，柯南無意看到達也以前的樂團照片后，便明白了兇手是誰，他躲在暗處以工藤新一的身份將兇手揭露，而因這場兇案牽扯出的愛恨情仇也無疑讓所有人扼腕嘆息。