小蘭、園子和世良三人在上學途中發(fā)現(xiàn)了路旁的遺體，遺體的旁邊留下了用血寫下的“死”字，這就和十年前工藤優(yōu)作唯一沒有揭穿犯人的事件幾乎一樣，為了調查這兩期案件的共同點，他們打電話給高木警官，但參與十年前案件的目暮警官看過遺體后卻以竊盜事件定性，回憶著十年前的一幕幕柯南依舊沒有明白自己父親的用意。

揭開暑假序幕的星期天，阿笠博士陪著少年偵探團看完電影后往家趕，在電車上他們看到遠方的樓頂上發(fā)生了命案，但到達現(xiàn)場后目擊墜落的時間卻是他們看到案情發(fā)生后的10分鐘。五層的建筑不可能墜落這么長時間，為了找出案情的真相柯南立即對案發(fā)的大樓展開了調查。

寒假的這天柯南發(fā)燒了休息，而原本約定好的在步美家的紙牌游戲也沒有辦法參加。就在和步美通電話時忽然有個叫做正南的小男孩說有陌生人闖進家中敲開了步美家的門，但之后他的父母便過來把他帶走了。看似小孩子的惡作劇但柯南卻發(fā)現(xiàn)其實他們不是真的父母，正南可能真的面臨危險！于是少年偵探團的各位來到正南的家里一探究竟。

與服部一起來到東京的和葉在家庭餐廳買真空包裝咖喱時遇到了殺人事件，世良真純提議讓西部偵探代表服部與工藤借此機會進行一場推理對決。趕到案發(fā)現(xiàn)場之后，柯南、服部等人見到了第一個發(fā)現(xiàn)死者的卡梅隆警官，目前死者的身份無法確定，唯一的線索就卡梅隆曾聽到過的死者疑似自殺的話，得知死者帶有關西口音后，服部推斷出兇手就在這家餐廳。

為了完成寫生作業(yè)的少年偵探團來到了米花市的郊外，在那里他們看到了草叢上的UFO，而這與一起殺人事件有著關聯(lián)。正當柯南等人詢問高木警官時UFO的主人小沼博士出現(xiàn)了，在調查研究所時發(fā)現(xiàn)了死者和自己要好的大哥萬年先生都為大藏工作，小沼先生正好買了大藏的字畫，而身藏巨款的大藏臨死之前告訴死者和萬年的訊息便是UFO。