在從伊豆回來(lái)的路上，因?yàn)樾∥謇傻能?chē)子出了故障，柯南等人借住KURON健康器具公司的山莊。而此時(shí)，山莊里的3人正在新制品藥物社內(nèi)研究的關(guān)鍵時(shí)刻。第三開(kāi)發(fā)部部長(zhǎng)平松正樹(shù)的制品馬上就要被采用了，然而社長(zhǎng)梅谷四郎被刀刺傷，并平松也遭遇車(chē)禍身亡。看似事故的現(xiàn)場(chǎng)柯南卻有著不一樣的看法。

警方對(duì)鱒渕進(jìn)行偵訊，而當(dāng)時(shí)他卻并沒(méi)有不在場(chǎng)證明并且之前他曾與船木發(fā)生過(guò)爭(zhēng)吵，所以警方認(rèn)定他就是兇手。另一邊，少年偵探隊(duì)也展開(kāi)了調(diào)查，柯南注意到來(lái)往這里火車(chē)，認(rèn)為發(fā)現(xiàn)尸體的地方并不是案發(fā)的第一現(xiàn)場(chǎng)，于是大家順著軌道，找到了船木的照相機(jī)，并且從附近警衛(wèi)的口中得知鲇川也曾來(lái)過(guò)大橋，可是，如果兇手真的是她，那她殺害船木的動(dòng)機(jī)以及她的手法到底是什么？

就在警方和小五郎集中精力思考兇手是如何調(diào)換毛巾時(shí)，柯南卻重返飯桌，回憶當(dāng)時(shí)自己為拿醬油和辣油轉(zhuǎn)旋轉(zhuǎn)桌面時(shí)的場(chǎng)景，這時(shí)他突然想到或許兇手根本就不是用有毒毛巾殺人的可能，在向鑒識(shí)人員確認(rèn)了自己的想法后，兇手浮出水面，他讓所有人都按照案發(fā)時(shí)的位置做好，并重現(xiàn)當(dāng)時(shí)的場(chǎng)景，而兇手卻在不知不覺(jué)間自己露出了馬腳。

小蘭在英語(yǔ)課上開(kāi)小差后被老師朱蒂發(fā)現(xiàn)，看到了『×』的標(biāo)記，但卻不知其意。放學(xué)后，園子同朱蒂與柯南一起去咖啡店。突然大廈內(nèi)停電，咖啡店邊的電梯發(fā)現(xiàn)男性的尸體。是誰(shuí)被殺了，而在死者隨身帶著的資料帶上有用血書(shū)寫(xiě)的『○×△』又有什么意思？是被害者留下的暗示嗎，柯南發(fā)現(xiàn)死亡信息的不同之處，是否解開(kāi)了死亡信息的謎題？

園子的大伯次郎吉因?yàn)楣直I基德曾經(jīng)搶了他大出風(fēng)頭的機(jī)會(huì)，而一直耿耿于懷，便不惜人力物力發(fā)誓抓住基德，他以“藍(lán)色奇跡”為誘餌高調(diào)的在報(bào)紙上向基德下戰(zhàn)書(shū)，不想基德居然回應(yīng)了他的挑戰(zhàn)，并說(shuō)自己會(huì)走著去盜取“藍(lán)色奇跡”，在正式盜取之前，基德先前往博物館查看地形，面對(duì)層層包圍的警察和直升機(jī)，他就這樣突然懸浮在空中出現(xiàn)在眾人面前，不但如此，他還在沒(méi)有任何設(shè)備的狀況下，泰然自若的在空中漫步。