柯南、步美等人從博士家里找到了一封四十年前來(lái)自博士初戀情人的信，信上除了說(shuō)每十年在回憶的地點(diǎn)見(jiàn)面之外，還留下了一串像是暗示地點(diǎn)的數(shù)字，而今天剛好是四十年后的相約之日。經(jīng)過(guò)推理，他們一行人來(lái)到動(dòng)物園，將信上的數(shù)字與動(dòng)物入園的順序相結(jié)合，他們找到了飛鼠館，而正巧在他們的面前站著一位女性，她會(huì)是阿笠博士的初戀嗎？

少年偵探隊(duì)放學(xué)去游戲軟體公司詢問(wèn)第二天新游戲發(fā)售的事情，沒(méi)想到元太因?yàn)橹毕肷蠋鴽_進(jìn)了董事長(zhǎng)的辦公室，慌亂之中還拿走了新游戲的碟片，這讓董事長(zhǎng)很是緊張，因?yàn)榈锸撬麣⑷说挠跋瘢履吓銮煽吹蕉麻L(zhǎng)追元太等人的時(shí)候身上帶了手槍，意識(shí)到元太他們有危險(xiǎn)，便在董事長(zhǎng)身上裝了竊聽(tīng)器，他聽(tīng)到董事長(zhǎng)讓一個(gè)叫BEE的人追殺元太，這個(gè)BEE到底是誰(shuí)？元太他們又能否成功脫險(xiǎn)？

小五郎受邀去電視臺(tái)參加一個(gè)與偵探編劇探討劇本的活動(dòng)，沒(méi)想到在開(kāi)始之前，居然發(fā)生了命案，死者是編劇八神，他因喝了有毒咖啡而死，這些咖啡是由香田所沖泡，因此他的嫌疑最大，可是還有一個(gè)問(wèn)題說(shuō)不通，那就是兇手如何讓八神準(zhǔn)確的拿到有毒咖啡？

女主播水無(wú)憐奈拜托小五郎調(diào)查一件奇怪的事情，她家的門鈴連續(xù)兩個(gè)月無(wú)故響起，但卻從未發(fā)現(xiàn)有任何人出現(xiàn)在附近的跡象，并且門口還曾出現(xiàn)過(guò)一瓶安眠藥，更離奇的是隔壁空了半年的房子竟然在某天夜里出現(xiàn)了聲響，聽(tīng)完水無(wú)的描述，柯南在她家門口的墻上粘了發(fā)信器，企圖竊聽(tīng)門外的動(dòng)靜，之后，又獨(dú)自來(lái)到隔壁房間調(diào)查并在玻璃門上發(fā)現(xiàn)了“木、美、和”三個(gè)字。

隨著調(diào)查的深入，柯南知道了搶劫珠寶的并不是死者后村，而另有其人，這個(gè)人不僅是搶匪還是殺人兇手，為了讓兇手老實(shí)認(rèn)罪，柯南重現(xiàn)了當(dāng)時(shí)搶匪跳樓的場(chǎng)景，并找到了足以證明他就是兇手的證據(jù)。案件結(jié)束之后，佐藤警官找了高木原本打算送給她的胸針，可沒(méi)想到佐藤警官竟然對(duì)珠寶沒(méi)有興趣，這時(shí)，高木警官才意識(shí)到這一切都是由美的“陰謀”。