與黑衣組織的戰(zhàn)斗告一段落，又回到了平靜的生活。某天，少年偵探隊(duì)獲知同樣就讀帝丹小學(xué)的雨宮翔子突然消失，據(jù)說(shuō)她和灰原十分相像，莫非黑衣組織的魔爪已經(jīng)深入學(xué)校？為找到翔子，放學(xué)后大家展開(kāi)了調(diào)查，期間還遇到神色可疑的老師，之后一行人找到了翔子失蹤前來(lái)過(guò)的便利店，并得知她在這里買(mǎi)了飲料、牛奶和小刀片，就在柯南他們百思不得解時(shí)，由美出現(xiàn)……

除了發(fā)現(xiàn)煙頭，柯南還發(fā)現(xiàn)二川身上多處沾有血跡，博士等人也在懸崖上找到了寫(xiě)有遺書(shū)的手機(jī)，回到旅館后柯南將這件命案告訴了其他人，就在大家根據(jù)二川留下的遺書(shū)認(rèn)為他是自殺時(shí)，柯南卻說(shuō)他是被人用鋼管擊中頭部墜落山崖而死，于是少年偵探隊(duì)便對(duì)其他三個(gè)可疑人的房間進(jìn)行檢查，雖然一無(wú)所獲，但柯南還是發(fā)現(xiàn)了蛛絲馬跡，他讓灰原配合他演戲，沒(méi)想到真的有人上鉤，這個(gè)人就是真兇嗎？

當(dāng)小五郎準(zhǔn)備再度去詢問(wèn)南里薰，卻在門(mén)外聽(tīng)到她的慘叫，還不等小五郎沖進(jìn)去，就從屋子里匆忙跑出了一個(gè)男子，幸運(yùn)的是南里薰并沒(méi)有被殺害，醒來(lái)之后，南里薰說(shuō)起了自己突然消失的男朋友安西，從小五郎的照片上可以看出，這個(gè)人也曾出現(xiàn)在米花飯店，這些原本不相識(shí)的人，因?yàn)檫@件古怪的命案被聯(lián)系了起來(lái)，柯南將安西、南里薰和美奈子一起找來(lái)，這兩起經(jīng)過(guò)完美設(shè)計(jì)的命案，即將真相大白！

少年偵探隊(duì)放學(xué)去游戲軟體公司詢問(wèn)第二天新游戲發(fā)售的事情，沒(méi)想到元太因?yàn)橹毕肷蠋鴽_進(jìn)了董事長(zhǎng)的辦公室，慌亂之中還拿走了新游戲的碟片，這讓董事長(zhǎng)很是緊張，因?yàn)榈锸撬麣⑷说挠跋瘢履吓銮煽吹蕉麻L(zhǎng)追元太等人的時(shí)候身上帶了手槍，意識(shí)到元太他們有危險(xiǎn)，便在董事長(zhǎng)身上裝了竊聽(tīng)器，他聽(tīng)到董事長(zhǎng)讓一個(gè)叫BEE的人追殺元太，這個(gè)BEE到底是誰(shuí)？元太他們又能否成功脫險(xiǎn)？

小蘭、柯南、服部以及和葉一行四人去看魔術(shù)師星河童吾的奇幻魔術(shù)秀，在表演水中脫逃的時(shí)候，和葉和小蘭以為魔術(shù)失敗，便沖向舞臺(tái)準(zhǔn)備救人，卻沒(méi)想到這只是為了營(yíng)造舞臺(tái)效果而做的表演。為表歉意，和葉和小蘭來(lái)到后臺(tái)，并在這里遇到范田和姬宮，原來(lái)他們都是十年前失蹤的魔術(shù)師正影的弟子，之后，他們四人受邀來(lái)到了正影家，可就在這短短的時(shí)間內(nèi)竟然發(fā)生了命案。