阿笠博士帶著少年偵探隊(duì)來(lái)到岡山縣倉(cāng)敷市展開(kāi)了一場(chǎng)古代史之旅，他們?cè)谶@里結(jié)識(shí)了因同學(xué)會(huì)而重新聚在一起的五名男女，然而就在大家按照撿來(lái)的暗號(hào)進(jìn)行尋寶時(shí)，卻發(fā)現(xiàn)那五人中的一人突然死亡，另外一個(gè)則被當(dāng)做重要關(guān)系人接受調(diào)查，根據(jù)少年偵探隊(duì)所找到的時(shí)光保存罐以及死者留下的死亡訊息，柯南斷定兇手就在剩下的四人中，但要抓住真兇，就必須要找到其他兩個(gè)時(shí)光保存罐。

笹本安太郎和神尾總是遭到大學(xué)時(shí)期同在推理研究會(huì)的日影的襲擊，因?yàn)閷?shí)在無(wú)法忍受這種恐懼，在笹本的提議下他們找到了小五郎，神尾說(shuō)日影曾寄給他一份小說(shuō)的原稿，而里面的內(nèi)容完全是如何殺人，而且他們的另一位同伴就死于小說(shuō)中的手法，調(diào)查期間，神尾遭到炸彈襲擊， 笹本則差點(diǎn)被車(chē)撞傷，就在警察將注意力都放在搜索日影時(shí)，柯南卻認(rèn)為兇手另有其人。

警方調(diào)查期間本山總是鬼鬼祟祟的像是在謀劃著什么，他提議大家一起去吃飯，然后又謊稱(chēng)自己有東西落在了車(chē)上，返回座位偷偷拿走了小蘭裝在包里的網(wǎng)球，然而暗自慶幸計(jì)劃成功的本山還不知道，這時(shí)的警方和小五郎早在柯南的提醒下，知道了他就是兇手以及他的作案手法，于是，大家暗中尾隨他來(lái)到機(jī)場(chǎng)，在他企圖逃逸之前將他的罪行揭穿！

警方在繩子和藥瓶上發(fā)現(xiàn)的指紋居然不是屋子里任何一個(gè)人的，那么就排除了他們犯案的可能，再休息之前柯南建議警察再次對(duì)他們每個(gè)人的怪癖進(jìn)行調(diào)查確認(rèn)，然而，卻并沒(méi)有發(fā)現(xiàn)有何異常，案件一度遭遇瓶頸，到底是忽略了哪里的線索？這時(shí)，小蘭無(wú)意中的一句話提醒了柯南，原來(lái)犯案的不止一人。

柯南、步美等人從博士家里找到了一封四十年前來(lái)自博士初戀情人的信，信上除了說(shuō)每十年在回憶的地點(diǎn)見(jiàn)面之外，還留下了一串像是暗示地點(diǎn)的數(shù)字，而今天剛好是四十年后的相約之日。經(jīng)過(guò)推理，他們一行人來(lái)到動(dòng)物園，將信上的數(shù)字與動(dòng)物入園的順序相結(jié)合，他們找到了飛鼠館，而正巧在他們的面前站著一位女性，她會(huì)是阿笠博士的初戀嗎？