步美偶然撞上的殺人魔在逃。根據(jù)在她手上留下的痕跡，柯南和佐藤警官確定了犯人所乘車(chē)輛的車(chē)種，之后緊急拘捕了3名嫌疑者。因?yàn)榉溉丝赡艹钟姓囱蔫€匙，柯南推測(cè)鑰匙孔里會(huì)有血便請(qǐng)求測(cè)試熒光反應(yīng)，但是竟然都沒(méi)有檢測(cè)出反應(yīng)！就在這時(shí)柯南發(fā)現(xiàn)了犯人躲避檢測(cè)的發(fā)法，在柯南的協(xié)助下警方終于逮捕了犯人。

與黑色組織面對(duì)面 滿(mǎn)月之夜的兩起神秘事件(之五)柯南昏倒，茱蒂受傷，蓓摩特的槍口指向灰原，千鈞一發(fā)之刻，一直躲在后車(chē)廂的小蘭突然沖出來(lái)，緊緊抱著灰原，面對(duì)這種意想之外的狀況，蓓摩特想起了往事而不忍下手，趁她分神的時(shí)候，與茱蒂同屬FBI的赤井秀一出現(xiàn)，雖然保護(hù)了無(wú)辜的人，但蓓摩特卻以柯南為人質(zhì)成功逃脫。途中柯南從昏睡中蘇醒，接下來(lái)就是柯南與蓓摩特的單獨(dú)對(duì)峙，他能否根據(jù)蓓摩特的電話(huà)找出黑暗組織的boss？

柯南和阿笠博士從板倉(cāng)的日記磁片中果然找到了他與黑暗組織接觸過(guò)的線(xiàn)索，這讓柯南興奮不已，于是兩人立馬趕往板倉(cāng)的別墅，企圖找到板倉(cāng)所開(kāi)發(fā)的系統(tǒng)軟體和黑衣組織發(fā)來(lái)的郵件，然而，讓他們沒(méi)想到的是，郵件竟然有密碼，如果在一定時(shí)間內(nèi)沒(méi)有打開(kāi)，郵件將自動(dòng)刪除，而這將引起黑衣組織的懷疑，這時(shí)，屋內(nèi)的電話(huà)響起，從另一邊傳來(lái)沃克質(zhì)疑的聲音，柯南和阿笠博士該如何應(yīng)對(duì)？

在從伊豆回來(lái)的路上，因?yàn)樾∥謇傻能?chē)子出了故障，柯南等人借住KURON健康器具公司的山莊。而此時(shí)，山莊里的3人正在新制品藥物社內(nèi)研究的關(guān)鍵時(shí)刻。第三開(kāi)發(fā)部部長(zhǎng)平松正樹(shù)的制品馬上就要被采用了，然而社長(zhǎng)梅谷四郎被刀刺傷，并平松也遭遇車(chē)禍身亡。看似事故的現(xiàn)場(chǎng)柯南卻有著不一樣的看法。

毛利偵探事務(wù)所來(lái)了三個(gè)委托人。要求調(diào)查失蹤的著名的系統(tǒng)工程師板倉(cāng)，三人是不同游戲公司的職員，受板倉(cāng)委托開(kāi)發(fā)各自不同的軟件。小五郎根據(jù)三人發(fā)來(lái)的郵件里的畫(huà)像，找到了賓館的房間，但是，和委托人一起去的時(shí)候發(fā)現(xiàn)板倉(cāng)已經(jīng)死亡。在柯南的提示之下暮目警官發(fā)現(xiàn)了板倉(cāng)被綁的真相并判斷此次事件為他殺事件！