參加網球比賽的柯南他們來到熊本縣。市內觀光的途中，園子撿到一部手機。手機的畫面上是“想要遇見那個孩子”的短信。園子與小蘭得到與園子同名女子的戀人的幫助，帶著手機出現在咖啡店。小蘭無意中聽到兩人的危險談話被綁架，而在小蘭打來的電話中柯南他們開始進行調查決心已定要組織這場謀殺！

和葉與小蘭在廚房找食物的時候，柯南和服部也出現在那里，并且兩人又在椅子下面發現了奇怪的名字，絞盡腦汁想要破解這些文字含義的柯南與服部兩人卻因為和葉無意中的一句話而茅塞頓開，雖然知道了兇手是誰，但卻找不到決定性的證據，于是二人設下圈套讓兇手自投羅網，一切都按計劃進行，兇手果然有所行動，可他卻不知道等待他的是兩名偵探！

與黑色組織面對面 滿月之夜的兩起神秘事件(之四)真相大白之后，兇手卻說都是蓓摩特逼他殺的人，然而不論何種理由都不能洗刷他殺人的事實，當大家都還沉浸在推理中，工藤新一卻再次揭掉了面具，此人的真正身份竟然是服部平次！而還在碼頭對峙的茱蒂與蓓摩特也都采取了行動，原本處在上風的茱蒂卻被身在暗處的蓓摩特的同伙射傷，局勢發生了扭轉，就在蓓摩特舉槍滅口時，柯南出現……

平次和合葉被惡毒的律師美里沙關了起來，并強迫服部來解開楠川偵探留下的一句暗號。另一方面柯南雖然在掌握了平次他們的行蹤，但因為找不到只好找了家飯店吃午飯。突然平次打了一通電話過來，要求幫忙解暗號密碼，但柯南發現了暗號密碼的異常。此時，服部也為美里沙解開了暗號的謎題，而柯南也成功解除謎題并報警解救出平次和葉子。

少年偵探隊在調查連續闖空門事件的時候，一幢公寓里突然傳出女聲尖叫，原來這名叫細野的小姐在買回來的二手沙發里發現了一具女尸，警方懷疑是她就是兇手，但細野卻有不在場的證明，這時，她的鄰居德永先生剛好回來，他說昨天聽到細野房中有爭執的聲音，為搜集更多線索，高木去了那家二手家具店調查，得知那個沙發其實是從細野家附近的垃圾堆撿到的，一切又回到原點，就在大家一籌莫展時，光彥說他知道誰是兇手……