與這起密室殺人事件有關的三人都被問話，柯南對這起在自己身旁發生的殺人事件已經有了眉目，但在波本面前他沒有辦法利用麻醉槍。無法讓小五郎沉睡的柯南只能將大家向案件的真相誘導，而在這場推理中解密的正是波本，案件雖然順利解決，但案件的背后又是一個悲傷的故事。

從純夏女士的電話留言和宅司的表情中柯南看出了這并非是正當防衛，而是宅司利用自己太太的習慣策劃的謀殺，他的所作所為會讓夫妻之間走到盡頭。得知妻子沒有生命危險的宅司從安心到負罪感到恐懼的變化驗證的柯南的推理，他與灰原在阻止了宅司自殺后解除了夫妻倆的誤會，知道真相的宅司陷入了無盡的悔恨之中。

少年偵探團對于賈斯丁的事件還是非常在意，偷偷溜出來的他們和柯南一起展開了調查，聰明的賈斯丁并沒有坐以待斃，顯眼的他四處留下關于自己的信息，而柯南根據這些信息終于找到了他。犯人終于被捕，但事件卻還沒有結束，熊紋公司的社員井上先生有著太多的疑點，柯南能感覺到這件事情還不止這么簡單。

毛利一家和柯南想要去的餐館正在施工，很多以前的建筑都被重建或者改造，正當毛利感嘆的時候工地里傳來了很大的聲音。建筑器材的散落發生了命案，被壓在鋼管底下的是朱古先生，而捆綁鋼材的帶子上有被割過的痕跡。最有可能作案的便是在場的三人，而這三個人都有作案動機，在檢查了命案現場后柯南有了線索。

正在進行的推理游戲卻變成了真正的殺人事件，在列車到達名古屋前柯南他們要在乘客中揪出真正的兇手來，在他們四處尋找線索的時候灰原卻忍受著內心的煎熬。內心忐忑不安的灰原正在受到組織的威脅，組織的黑影已經更近一步接近灰原，她絕對不能以這種摸樣被人殺害。