以大阪發(fā)生的事件為契機(jī)，平次等人特地來到東京搜查，事件現(xiàn)場是一所公寓的房間，經(jīng)過柯南和平次的調(diào)查后判定這是一起自殺案件，利落解決案件的柯南等人準(zhǔn)備乘坐電梯回去時又發(fā)生了命案。乍看之下發(fā)生在眼前的是自殺案件，但柯南和平次發(fā)現(xiàn)了很多疑點，根據(jù)高木警官打聽的結(jié)果，柯南等人鎖定了三名嫌疑人。

正在進(jìn)行的推理游戲卻變成了真正的殺人事件，在列車到達(dá)名古屋前柯南他們要在乘客中揪出真正的兇手來，在他們四處尋找線索的時候灰原卻忍受著內(nèi)心的煎熬。內(nèi)心忐忑不安的灰原正在受到組織的威脅，組織的黑影已經(jīng)更近一步接近灰原，她絕對不能以這種摸樣被人殺害。

來到正南家里的少年偵探團(tuán)的各位開始玩起了花牌，而游戲中正南好像利用花牌向小哀他們傳遞了什么信息。缺少柯南的少年偵探團(tuán)的各位開始分析正南的用意，通過小哀的推理確定了正南的母親的所在地，就在這時小哀突然發(fā)現(xiàn)了陌生的手機(jī)，而此時兩名犯人也露出了真相。突然門鈴響了起來！就在犯人開門接收快遞的時候柯南和高木趕來救援！

毛利收到的信件上寫著有人要殺害美術(shù)館館長的內(nèi)容，前去拜訪的柯南等人目睹了好幾次差點讓館長喪命的危機(jī)。而今天前來拜訪的赤座先生已經(jīng)被殺害，懷疑壬生小姐行跡可疑的柯南和小蘭正準(zhǔn)備親自聯(lián)絡(luò)警方的時候卻遭到了襲擊，美術(shù)館里的三個員工是共犯，而館長現(xiàn)在將要面臨危險。

警方、柯南以及公車上遇到過的偵探世良真純一起進(jìn)入別館進(jìn)行調(diào)查，他們在二樓發(fā)現(xiàn)了帶有釣魚線的電動輪椅，在死者墜落的六樓發(fā)現(xiàn)了窗戶下方的油漆和油桶，加之別館使用的是前后各有一扇門的電梯，將這些線索全部串聯(lián)起來之后，柯南發(fā)現(xiàn)兇手就是那個人！世良先柯南一步破解案件并場景重新，然而結(jié)果卻并非大家所期待的那樣，人偶并沒有墜樓，到底是哪里出現(xiàn)了錯誤？