阿笠博士帶著少年偵探團一起去參觀西田在家里建造的水族館時，遇到了旅行回來的西田的學生井村，他們用備用鑰匙進了房子，沒想到光彥和元太竟然在廁所的浴缸里發現了西田的尸體，柯南注意到了死者脖子上的針孔、手指上的粘著劑、關閉的浴室電燈，并且還在步美的提醒下看到了水族箱里死去的蝦，這種種跡象表明西田是被人蓄意謀殺的，可是警察確認為這是意外事件，就在他們準備結案時，柯南說出了真相！

柯南他們在米花百貨大樓里遇到了一個被不明人士綁滿炸彈的男人，他說歹徒的目的是為了抓住每周給他寄紅色t恤的人，如果找不到那個人，歹徒將引爆散落在各處的炸彈，面對如此危機的狀況，柯南將如何應對？與此同時，貌似赤井秀一的燒傷男性也出現在了這棟大廈中，他給茱蒂老師留下“此處有危險”的訊息后消失不見，而得知赤井出沒米花百貨消息的黑衣組織也展開了行動，這個人真的是赤井秀一嗎？

雖然警方再次對這三名嫌疑人進行詢問，但因為每個人都坐在看不到我妻點餐內容的位置，所以根本無法預知死者會拿哪一盤壽司，案件再遇瓶頸，這時柯南在我妻的回轉臺上看到了塑膠包裝的一角，加之博士向灰原借手帕這一細節，他突然明白了兇手的作案手法，那么兇手一定是他！于是，柯南以阿笠博士為掩護當場指認兇手……

園子的次郎吉叔祖父要舉辦龍馬展，而怪盜基德則發出了預告狀。但奇怪的是這次基德發出的是歸還物品的預告狀！而從叔祖父那里園子他們了解到這次次郎吉只是借出了博物館場地，而展覽的主辦發則是樽見。為了對抗基德，幾次郎在展覽場地安排了特別“基德歸還處”就在眾人在處處提防怪盜基德的時候柯南發覺了基德指定的日期是雨天。但基德的用意究竟何在？

灰原要求查看電視臺在黑暗中拍攝的影像，然而除了電流被切斷的聲音和風聲并沒發現有任何異樣，就在案件找不到頭緒時，大人們便開始互相懷疑，這時，柯南蘇醒過來，但是他讓元太他們對此事暫時保密，根據基德在臺座上貼的卡片，柯南知道了右衛門刻在柱子上的話以及基德的真身，他讓少年偵探團戳穿他的身份，這一次基德能否成功脫身？