在警方介入調(diào)查奈奈美母親的墜亡事件時(shí)，少年偵探團(tuán)的孩子們卻不見了蹤影，而現(xiàn)代當(dāng)家的助手長瀨先生也不見了。柯南等人在神秘的暗黑之塔中遇到了各式各樣的機(jī)關(guān)，在塔內(nèi)他們還遭到了神秘人物的追趕，當(dāng)柯南反應(yīng)過來時(shí)身邊的伙伴們都消失不見，獨(dú)自尋找同伴的他想起了奈奈美的哥哥所說的話語，暗黑之塔寶藏的秘密即將揭曉。

巧克力甜點(diǎn)師辻元先生在世界大賽上獲獎(jiǎng)的巧克力讓小蘭和園子非常期待，而辻元和他的美女店鋪設(shè)計(jì)師真悠子小姐的浪漫愛情也讓很多人憧憬。鈴木財(cái)團(tuán)的協(xié)助讓辻元的店鋪將在明天開業(yè)，而園子和小蘭則是這個(gè)店鋪的第一組客人，在辻元展示自己獲獎(jiǎng)的作品時(shí)發(fā)生了意外，這并不是一起普通的事故，柯南已經(jīng)看出被烈焰所包裹的巧克力背后的隱情。

泡沫、熱氣和煙的實(shí)驗(yàn)與室溫并沒有關(guān)系，在聽到三人單獨(dú)的問話后柯南鎖定了兇手。再次來到公寓的柯南又實(shí)施了實(shí)驗(yàn)，事發(fā)時(shí)吵鬧不停的鬧鐘和他們到達(dá)案發(fā)現(xiàn)場的時(shí)間成為了案件的突破口，而柯南也明白了制造出不在場證明假象的手法，案件的真相終于揭曉，而在真相的背后又隱藏著不為人知的悲劇。

柯南與伙伴們一起搭乘上了鈴木號特快車參加活動，位于八號車的伙伴們神情非常詭異，車廂里舉辦的是推理游戲，柯南和少年偵探團(tuán)等人也順勢參加，而小哀能夠清楚的感受到暗地里接近她的黑影，正在進(jìn)行的推理游戲竟然轉(zhuǎn)變成了真正的密室殺人事件，柯南能從人群中揪出兇手來嗎？

以大阪發(fā)生的事件為契機(jī)，平次等人特地來到東京搜查，事件現(xiàn)場是一所公寓的房間，經(jīng)過柯南和平次的調(diào)查后判定這是一起自殺案件，利落解決案件的柯南等人準(zhǔn)備乘坐電梯回去時(shí)又發(fā)生了命案。乍看之下發(fā)生在眼前的是自殺案件，但柯南和平次發(fā)現(xiàn)了很多疑點(diǎn)，根據(jù)高木警官打聽的結(jié)果，柯南等人鎖定了三名嫌疑人。