柯南等人在壽司店用餐時，突然有一位女士沖進來聲稱店里有人偷了自己的手包，手包內有一張中了大獎的萬馬彩。據這位女士所說，犯人的袖口上會留有自己手指上的血跡，然而經過檢查，在座的客人們并沒有人袖口上沾到血跡。此時，毛利小五郎想到自己之前撿到一張中了大獎的萬馬彩，并且中獎金額和這名女士丟失的相同，心中感到十分不安。

毛利小五郎收到了一本未出版的圖畫書，柯南發現書上的內容與近日發生的爆炸案有關。目暮警官得知此事后，帶著圖書作者的編輯趕到了現場。根據編劇所言，圖書作者已因病去世，而引發爆炸案的嫌疑人正是圖書作者的哥哥。通過書上的線索，柯南和毛利小五郎找到了藏匿在公園的炸彈，并被告知還有其他炸彈存在，柯南能否化險為夷找出其余的炸彈？

小五郎帶蘭和柯南來到東京附近的度假山莊放松，在那里遇到了同樣來休閑的女大學生三人組。小五郎伴著美景喝了許多酒，正當他昏昏欲睡之時，河邊突然出現了異變。河水突然變紅，順水而下居然有一具尸體飄了過來，小五郎立刻清醒跳河救人，等打撈上來后大家驚覺這居然是剛才的女大學生之一的秋葉夕子。

小蘭的母親妃英理在自己的事務所突然被人綁架，但她趁綁匪不注意躲進了廢棄的大樓內，并用搶來的手機向小蘭求救，雖然遭到了綁匪的干擾但柯南還是分辨出來了妃英理所發的信息內容，從中獲得了一些線索后柯南帶領小蘭和小五郎立刻展開救援，但被綁架的地點可能有兩處，柯南能在危急時刻找到正確的位置嗎？

根據友寄夫人的回憶，寫有打開機關盒方法的紙條被丈夫藏在了某本書中，眾人紛紛開始查閱圖書館中的藏書。柯南在回憶友寄夫人所言之后，頓悟了紙條被藏匿的方法，并推理出紙條所在的書籍。正當眾人齊心協力想要從書中找出紙條時，圖書館突然停電陷入一片黑暗，柯南等人趕緊前往放置機關盒的展廳，卻發現基德早已留下卡片逃之夭夭。