某日，一個自稱柯南媽媽的陌生女人來接他，柯南第一反應(yīng)就是她可能是黑衣組織的人，因為她清楚柯南家的底細(xì)以及他的真實身份，期間，柯南雖趁機逃脫，但去找阿笠博士的時再次候被抓，他聽到了那個女人和一個面具男討論交易藥物的事情，待他們離開后柯南按照那伙人留下了線索找到交易地點，可不幸的是他行跡暴露，面具人對他槍口相向……

小五郎開車的時候幫助了車子出故障的堀田耕作，為表謝意，耕作留小五郎三人參加他的慶生聚會，期間耕作因兒女們的爭吵以及女兒文子的到來大發(fā)雷霆而離席，之后，他的房間發(fā)生大爆炸，柯南在現(xiàn)場發(fā)現(xiàn)了兒子良二送給耕作的威士忌盒子，本以為良二是兇手，沒想到他莫名失蹤，大家又將矛頭指向文子，可文子卻說自己雖恨父親，可兇手不是她，這時，柯南看到了室外的化肥……

這天小五郎把打同樣喜歡麻將的肥田叫出來打麻將，可左等右等肥田都沒出現(xiàn)，于是決定到肥田的金融公司去看個究竟。當(dāng)他們到達(dá)肥田的住所時卻發(fā)現(xiàn)肥田已經(jīng)死亡！在詢問死者習(xí)慣的時得知肥田有把錢弄成扇形并舔手指數(shù)錢的習(xí)慣，而小五郎根據(jù)這個判斷兇手就是飯野。但在勘察現(xiàn)場之后柯南推理出犯人并不是飯野而是另有其人。最終在鐵證面前兇手承認(rèn)了自己的罪行。

柯南在朋友們?nèi)D書館做讀書報告時，警察突然來詢問圖書館職員玉田失蹤一事，館長津川表示自己也不清楚，警察做了簡單的搜尋后離開。但少年偵探團留到夜晚做深入調(diào)查，期間館長曾鬼鬼祟祟的來過一次，等他離開后，大家發(fā)現(xiàn)館長在利用圖書館進行販毒交易，當(dāng)他們找到被館長殺害的玉田的尸體時，沒想到館長也發(fā)現(xiàn)了他們，少年偵探團能否順利脫險？

少年偵探團在海灘度假的時候，偶然認(rèn)識了春日財團的大少爺和他的女朋友小忍。元太玩球時撿到了小忍發(fā)出的SOS求救漂流瓶，順著漂流瓶的方向，他們在一個洞窟找到小忍，原來這都是春日的安排，眼看海水滿潮，無法原路返回，大家在柯南的指揮下順利從洞穴另一邊逃出，看到小忍還活著，春日露出丑惡嘴臉以步美為人質(zhì)，關(guān)鍵時候小蘭趕來，將春日制服。