打棒球時(shí)，元太不小心傷到一名流浪畫(huà)家，送到醫(yī)院檢查才知道他失去了記憶，后來(lái)畫(huà)家悄悄離開(kāi)。幾日后，畫(huà)家的尸體被發(fā)現(xiàn)，為調(diào)查真相，少年偵探團(tuán)出動(dòng)，他們按照畫(huà)家的素描找到了一戶(hù)叫早瀨的家中，主人熱情招待這群孩子，柯南留意到這位夫人丈夫的遺像和死者很相像，進(jìn)一步調(diào)查后，他將銀杏、窗戶(hù)、燒焦的痕跡、帶眼鏡的被害者、墻壁上的畫(huà)串聯(lián)起來(lái)，沒(méi)錯(cuò)！兇手就是她。

在酒店吃飯時(shí)，一個(gè)神色不安的人引起柯南的注意，柯南等人暗中跟蹤并進(jìn)一步詢(xún)問(wèn)得知，此人名叫遠(yuǎn)藤，他的兒子被人綁架，為保兒子安全而沒(méi)有報(bào)警，小五郎決定幫他。次日，犯人打來(lái)電話要錢(qián)，遠(yuǎn)藤聽(tīng)到了兒子說(shuō)有螃蟹和鯨魚(yú)，這是找到犯人據(jù)點(diǎn)的唯一線索，小蘭、柯南和小五郎走街串巷的找有螃蟹和鯨魚(yú)的地方，柯南想起了漏掉的線索，順利找到有「螃蟹和鯨魚(yú)」的地方，將人質(zhì)解救。

柯南和伙伴們?nèi)ッ佬g(shù)館時(shí)撿到了一張畫(huà)有奇怪符號(hào)的紙，大家自行成立少年偵探團(tuán)去調(diào)查這些暗號(hào)，按照符號(hào)的指示先到達(dá)東京塔，在周?chē)归_(kāi)偵查卻一無(wú)所獲，休息的時(shí)候步美的新發(fā)現(xiàn)為柯南找到破解暗號(hào)的出口，大家一路尋找從東京鐵塔到南部水族館的標(biāo)記，然而，事情并非那樣順利，柯南能破解暗號(hào)嗎？暗中跟蹤少年偵探團(tuán)的黑衣人又是誰(shuí)？

這個(gè)從天而降死亡的人是江源，但從領(lǐng)結(jié)和皮帶等細(xì)節(jié)可以看出暗夜公爵并不是江源，警察去江源房間搜查時(shí)，發(fā)現(xiàn)房門(mén)居然上有防盜鎖，兇手把江源推下后是怎么逃脫的？在警察對(duì)其他人偵訊時(shí)，暗夜公爵將看守江源尸體的空手道高手打昏，還出現(xiàn)在了柯南、小蘭和佐山面前，并完全躲開(kāi)了小蘭攻擊，難道說(shuō)兇手就是……

小五郎開(kāi)車(chē)的時(shí)候幫助了車(chē)子出故障的堀田耕作，為表謝意，耕作留小五郎三人參加他的慶生聚會(huì)，期間耕作因兒女們的爭(zhēng)吵以及女兒文子的到來(lái)大發(fā)雷霆而離席，之后，他的房間發(fā)生大爆炸，柯南在現(xiàn)場(chǎng)發(fā)現(xiàn)了兒子良二送給耕作的威士忌盒子，本以為良二是兇手，沒(méi)想到他莫名失蹤，大家又將矛頭指向文子，可文子卻說(shuō)自己雖恨父親，可兇手不是她，這時(shí)，柯南看到了室外的化肥……