來(lái)到倫敦的柯南不小心以新一的身份向小蘭暴露在倫敦的事實(shí)，而此時(shí)柯南喝下了回國(guó)用的解毒劑暫時(shí)以新一的身份出現(xiàn)！在繼續(xù)調(diào)查的過(guò)程中小蘭從以前新一說(shuō)過(guò)的話中得到啟發(fā)發(fā)現(xiàn)了人偶的秘密。而之后通過(guò)與新一電話中發(fā)現(xiàn)了更多的線索。這時(shí)小蘭和小五郎碰到了米奈芭小姐，在米奈芭和弟弟阿波羅的協(xié)助下小蘭留在教堂的紙片，而上面寫(xiě)著的就是接下來(lái)的線索。

大家二次來(lái)到倉(cāng)庫(kù)后發(fā)現(xiàn)了在門(mén)上方供奉著的神壇，而讓柯南更為好奇的是神壇對(duì)面的大算盤(pán)，這很可能是啟動(dòng)機(jī)關(guān)的鑰匙，仔細(xì)觀察倉(cāng)庫(kù)之后，柯南發(fā)現(xiàn)了其中的蹊蹺，他叫來(lái)警察與他一起根據(jù)灰塵的多少撥動(dòng)算珠，果不其然，天花板漸漸向下移動(dòng)，警察不僅在這里找到了被盜的寶物還抓住了偷盜者，案件結(jié)束后，柯南揪出了那個(gè)一直暗中幫助元太他們的“軍師”，而這個(gè)人正是……

就在萬(wàn)由美好不容易找到自己的身份的時(shí)候卻突然逃走了，而她遺失的紙條上寫(xiě)著“要知道真相就一個(gè)人來(lái)”的信息！而就在柯南追過(guò)來(lái)之后發(fā)現(xiàn)險(xiǎn)遭毒手的萬(wàn)由美。在眾人調(diào)查神社時(shí)得知萬(wàn)由美之前曾來(lái)過(guò)這里。晚上萬(wàn)由美又再次的險(xiǎn)遭綁架，但凡人卻留下了一份借條，借此柯南推斷出了犯人的身份，而所謂的好友的身份也最終暴露出來(lái)。

這天小五郎帶著柯南和小南外吃吃飯，回家的途中遇到故意向須坂和中北的汽車，柯南用自己的充氣足球阻止了再次撞向兩人的汽車。作為答謝片寄邀請(qǐng)小五郎一行來(lái)到家里，而小五郎他們?cè)陂T(mén)口碰到了發(fā)生口角的野笛和荻人。柯南和中北一起在院子里玩耍時(shí)發(fā)現(xiàn)倒地身亡的片寄爺爺！而在調(diào)查過(guò)程中須坂拿出了老爺讓保管的鑰匙，而盒子里留下的卻是一封暗號(hào)信。

柯南、小五郎陪園子和小蘭逛街的時(shí)候，在公園的廁所里發(fā)現(xiàn)了一具被不明人士勒斃的女尸，身穿流行哥特蘿莉裝的被害者名叫久瀨，柯南他們之前曾在新宿的咖啡廳與她有過(guò)一面之緣，她當(dāng)時(shí)只在座位上坐了一下什么也沒(méi)點(diǎn)就去了店外的廁所，之后與她約見(jiàn)的朋友莊堂來(lái)到店里，但久瀨卻再也沒(méi)有出現(xiàn)。雖然柯南他們懷疑莊堂就是兇手，但她卻有完美的不在場(chǎng)證明。