和葉與服部帶小蘭他們游大阪的時候遇到了一個特殊的旅行團，他們都是豐臣秀吉的崇拜者，因此在團隊中大家都扮演不同的角色，但柯南等人卻惟獨沒有見到“豐臣秀吉”。然而沒過多久，有個人滿身是火的從天守閣上墜落死亡，而此人正是旅行團中的“豐臣秀吉”，服部和柯南在尸體周圍找到了碎片和一個卷軸，這時，和葉說這和十三年前發生的焦尸案一樣，雖然沒有什么頭緒，但柯南和服部斷定這一定和豐臣秀吉的寶藏有關。

晚到的杰拉爾·天馬被劍殺死，和天馬有過爭吵的加那善成為了頭號嫌疑人。柯南則在勘察現場的時候發現窗臺上不自然的痕跡，而鋼琴上奇怪的東西也吸引了柯南的注意，最終柯南揭穿了像謎一樣的人物的真面目同時也解開了殺害天馬的兇手所用的犯罪手法。在鐵證面前兇手最終承認了自己的罪行并說出了殺人動機。

柯南，小蘭與小五郎向著溫泉的途中，在遭苛政君主殺害的戰國武將沖滑秀友的墓前祭祀時。正巧結識了住在這里的一戶人家。還聽說了關于秀友鎧甲的詛咒的傳聞。接著那天夜里。也正是秀友500年祭日的那晚，還知道了當天也是這家人家中的父親因工廠倒閉即而自殺，即這個鎧甲原來的主人的祭日。

茂木認為小五郎是兇手而開槍將他射傷，當前來“黃昏別館”的所有名偵探都命喪黃泉時，電腦上居然出現了一行關于寶藏的信息，一直躲在監視器操控室的神秘幕后黑手終于按捺不住露出了真面目，沒想到這個人居然是……柯南引導她說出了整件事的真相，而這時，本應死去的偵探們居然都出現在門口，可到底是怎么回事？這棟別墅的寶藏又是什么？

被害的真紀的因為錢包不見了，被疑為是強盜殺人。乍看之下雖然像是強盜殺人，柯南卻肯定兇手是這些大學生一行人中的某人。雖然懷疑藤浩的不在場證明是否可以確立，這時這一行人中復雜的人際關系一點一點浮現出來。這次的殺人事件中，隱藏著另外一個邪惡的計劃。在“沉睡的小五郎”的解說下兇手最終浮出水面來。