警察在案發(fā)現(xiàn)場發(fā)現(xiàn)了一個筆記本，上面以流動日記的形式寫著這四名死者害死甲斐先生的秘密，根據(jù)這個筆記本，大和警官推測兇手就是因為內(nèi)疚而動手殺人的繁次。但是還有疑點并未解開，于是，柯南和服部兩人再次來到了綾華的死亡現(xiàn)場，并從一名警察那里聽到了關(guān)鍵的線索，兇手就是……

應出版社要求小五郎和知名占星師紫條麗華在她的豪宅進行談話節(jié)目的錄制，期間，女演員綠川克拉拉氣沖沖的來找紫條商量事情，簡單交談后，紫條便一人回房工作，直到下午吃晚飯的時候也沒有見她露面，預感到有事情發(fā)生的柯南跑到陽臺發(fā)現(xiàn)紫條已經(jīng)死在了房間里，大家從被打破的天窗進入房內(nèi)，這起密室謀殺案的兇手到底是誰？

當晚，這名潛入醫(yī)院的黑暗組織同伙南田陸道果然展開了行動，但同時FBI也暴露了行動，南田陸道在驅(qū)車逃跑的過程中舉槍自盡，雖然柯南破壞了他的手機但他還是通過其他手段將搜集來的信息傳給了組織。既然事情發(fā)展到這種地步，轉(zhuǎn)院無疑就是在向黑暗組織昭示水無憐奈就在這里，所以只能另想對策。另一方面，英祐伺機潛入了水無憐奈的病房，并發(fā)現(xiàn)她早已從昏迷中蘇醒。

赤井秀一按照約定來到會面地點，水無憐奈也早已等候在那里，她拔槍直接射穿秀一的肺部，之后又按照今恩的指示朝他的頭開槍，這時，巡邏警車趕來，水無憐奈在留下一枚炸彈后匆忙離開。當FBI得知消息后，爆炸的車內(nèi)只剩下一具燒焦的尸體，在不暴露秀一身份的情況下，茱蒂確認了那具尸體確實是赤井秀一，雖然損失巨大，卻保住了水無憐奈。

死羅神和服部一唱一和，兩人一起揭穿了假新一的身份并且還將當年村長及其妻子遇害一案再次向大家說明，而這個死羅神自然也就是工藤新一本人。案件結(jié)束后，新一的身體再次發(fā)生變化，幸虧灰原的及時趕到，新一才保住了秘密不被發(fā)現(xiàn)，在驅(qū)車回家的途中，一輛車很危險的在馬路上行駛，當大家努力將其攔下后卻發(fā)現(xiàn)開車的人已被人勒死。