少年偵探團(tuán)到商場(chǎng)看假面超人秀。在回去的路上，元太為了拿回忘在商場(chǎng)里的假面超人簽名被關(guān)在了已經(jīng)打烊的店里。誰(shuí)知外表看似寂靜的百貨公司實(shí)際上卻一點(diǎn)也不安靜。戴著面具的人偶挾持了警衛(wèi)和工作人員！看似單純的強(qiáng)盜事件幕後竟還有共犯。遇上了強(qiáng)盜集團(tuán)的少年偵探團(tuán)正陷入極度的危險(xiǎn)之中！最終少年偵探團(tuán)的孩子們成功的化解了百貨公司的危機(jī)。

這時(shí)，二樓傳來(lái)老師們的慘叫，柯南和小蘭跑上去發(fā)現(xiàn)下田被人勒死，柯南立即開(kāi)始找兇器，但并未找到，唯一能確定的是，兇手就在中村、米原和坂井之間，接下來(lái)的搜尋中，柯南在下田脖子上發(fā)現(xiàn)了頭發(fā)，兇手就是那個(gè)人！可是該通過(guò)誰(shuí)之口揭穿兇手呢，園子昏睡不了解案情，正值苦惱之時(shí)，他想到以工藤的的身份讓小蘭用便攜電話說(shuō)出真相，而小蘭卻在得知真相后痛哭不已。

柯南注意到這些音符并將其解讀，這時(shí)，當(dāng)?shù)氐睦暇煺f(shuō)倉(cāng)庫(kù)里有麻生圭二留下來(lái)的樂(lè)譜，這種重要線索柯南自然不會(huì)放過(guò)，他和警察一起去找樂(lè)譜，而這期間，一直精神怪異的西本上吊死亡，腳下還留有遺書，柯南推斷出這是他殺，當(dāng)在看到麻生圭二留下來(lái)的樂(lè)譜后，柯南斷定出了兇手，他利用變聲領(lǐng)結(jié)和廣播室說(shuō)出真相。

簱本家族的人聚在餐廳斷定兇手就是小武 ，就在長(zhǎng)女麻理子擔(dān)心去廁所遲遲未歸的兒子一郎時(shí)，游輪突然停電，隨之而來(lái)的是一郎的慘叫，在黑暗中他被兇手刺傷了腿，小五郎在電源室發(fā)現(xiàn)這是有人蓄意的斷電，他立刻命所有人留在餐廳，自己和柯南，小蘭尋找線索，迷霧漸漸撥開(kāi)，兇手真的是突然消失的小武嗎？

少年偵探團(tuán)在海灘度假的時(shí)候，偶然認(rèn)識(shí)了春日財(cái)團(tuán)的大少爺和他的女朋友小忍。元太玩球時(shí)撿到了小忍發(fā)出的SOS求救漂流瓶，順著漂流瓶的方向，他們?cè)谝粋€(gè)洞窟找到小忍，原來(lái)這都是春日的安排，眼看海水滿潮，無(wú)法原路返回，大家在柯南的指揮下順利從洞穴另一邊逃出，看到小忍還活著，春日露出丑惡嘴臉以步美為人質(zhì)，關(guān)鍵時(shí)候小蘭趕來(lái)，將春日制服。