紀(jì)曉嵐拿到賬本后隱隱不安，果然有人趁紀(jì)曉嵐不備時(shí)搶走賬本。乾隆和瑤琴經(jīng)過(guò)生死磨難，已是兩情相悅、不能自已。收到張了了送來(lái)的賬目，和珅將假賬目交與盧焯以做郭天貪污的證據(jù)，由于瑤琴被救，和珅與盧焯決定改變計(jì)劃，同意郭天自盡，對(duì)外宣稱其是畏罪自殺。乾隆藥醒，得知自己身份已暴露，干脆帶瑤琴趕往浙江營(yíng)救郭天。劉全再次用柳哥要挾張了了，讓其做偽供，佯稱和珅給盧焊的假賬目是從紀(jì)曉嵐身上搶走的真賬目。瑤琴擊鼓鳴冤，和珅與盧焯見(jiàn)乾隆駕到慌忙升堂。乾隆堂上審訊，和珅與盧焯讓張了了出面，試圖將責(zé)任推到紀(jì)曉嵐身上而瞞天過(guò)海，誰(shuí)知紀(jì)曉嵐拿出真賬本，并聲稱自己早已有所防備，張了了搶走的只是副本。

紀(jì)曉嵐不肯循親枉法，力數(shù)薛大老板之罪狀，皇上無(wú)言以對(duì)，和巧言令色，深通馬屁術(shù)和離間術(shù)，莫愁聞知老夫人既是貪案的罪魁禍?zhǔn)祝氲綖榇藸奚狞S克明，舉劍直指老夫人，并慷慨陳詞，欲報(bào)仇血恨，皇上深為震驚，迫于情勢(shì)，決定親自出馬，弄清案情，查明真相。 紀(jì)曉嵐與和天生一對(duì)冤家對(duì)頭，一旦相見(jiàn)，便免不了冷嘲熱諷。和建議以無(wú)關(guān)緊要的人物做替罪羊洗清柳志夫人的污點(diǎn)，紀(jì)曉嵐豈相從，柳志夫人痛訴多年來(lái)失子之痛，才為彌補(bǔ)失落感，用金錢(qián)報(bào)仇世人。皇上矛盾不已，紀(jì)曉嵐毫不手軟，斷然判案，不惜身家性命。柳志夫人自知罪孽重，不忍再為難皇上毅然服毒自盡。 一日，紫禁城內(nèi)，君臣又聚在一起，為奶娘命案一事產(chǎn)生歧義，和深知此案頗多詭異，不愿輕易牽掛上身，紀(jì)曉崗卻明察秋毫，知此中大有文章，正欲深入調(diào)查，御醫(yī)呂長(zhǎng)安卻越獄逃跑。

京城里彌漫著一種神秘香氣，由于來(lái)勢(shì)突然朝廷內(nèi)外俱驚。乾隆命和珅迅速查明香氣源頭。一神秘女人，自稱知道香氣由來(lái)，原來(lái)紀(jì)曉嵐為了撰寫(xiě)《四庫(kù)全書(shū)》而廣征天下藏書(shū)，好友顏驥踴躍獻(xiàn)書(shū)。和珅卻大興文字獄。乾隆在和珅的煽動(dòng)下，將顏驥全家賜死。紀(jì)曉嵐無(wú)力回天，只有將顏驥生前收藏的西域煙草點(diǎn)燃，以此明志要為顏驥討回公道，也正是此獨(dú)特香氣使全城大亂。昔日神秘女子正是顏驥流落在民間的私生女顏如五。如玉認(rèn)為一切都因紀(jì)曉嵐而起，決定替父報(bào)仇，紀(jì)曉嵐扮作戲子，在戲臺(tái)之上拿出乾隆賜予的金煙桿，表明要為顏驥翻案的決心。

乾隆強(qiáng)行指派紀(jì)曉嵐為兩江巡撫，與被封為兩江總督的和珅一同視察浙江，和珅與盧焯聽(tīng)聞大驚。紀(jì)曉嵐終日沉浸在與張了了的輕吟曼舞之中，小月賭氣對(duì)紀(jì)曉嵐不聞不問(wèn)。張了了在和珅的安排下裝病，紀(jì)曉嵐急忙外出買(mǎi)藥，遇到了在此等候的阮媽，阮媽再次當(dāng)眾羞辱紀(jì)曉嵐，紀(jì)曉嵐反辱相譏，盧焯的家丁趁機(jī)起哄。紀(jì)曉嵐狼狽而歸，張了了表示不愿拖累紀(jì)曉嵐而假意離去，紀(jì)曉嵐急忙勸阻。和珅與盧焯合謀害死阮媽，并嫁禍于紀(jì)曉嵐以阻止其南下。

紀(jì)曉嵐與和聯(lián)手派人護(hù)送御醫(yī)呂長(zhǎng)安安在回京，這對(duì)多年來(lái)的冤家對(duì)頭即使在相互合作時(shí)也不忘反唇相譏，彼此嘲謔。 從呂長(zhǎng)安之口，眾人才知四姑娘與十四王爺乃是藥方奇案的罪魁禍?zhǔn)祝矍凹埌蛔』穑庪U(xiǎn)毒辣的十四王爺決定丟卒保車，要四姑娘刺殺紀(jì)曉嵐后再自殺，以消滅罪跡，眼見(jiàn)自己忠心耿耿追隨的人竟如此冷酷無(wú)情，四姑娘徹底絕望，將一劑毒藥一飲而盡。 紫禁城內(nèi)，皇上召見(jiàn)文武百官，和得意洋洋肆意表功，紀(jì)曉嵐巧設(shè)圈套，使和、福康安挪用貢品的不義之舉和此后協(xié)助自己調(diào)查藥方密案的合作之功一一道出，搞得二人一驚一乍。 十四王爺應(yīng)召入宮見(jiàn)駕，藥方奇案終于到了真相大白的時(shí)候。