不忍看到和葉為解死亡訊息焦急流淚，于是，服部在與柯南的對話中有意的透露一些提示，所幸和葉一點就通明白了其中的奧秘。另一邊，警方叫來最先發(fā)現(xiàn)尸體的四人，并一一做了偵訊發(fā)現(xiàn)每個人都心懷鬼胎有殺人的動機，而柯南和服部也沒有停止尋找真兇，就在二人找到新的線索時，和葉突然大呼自己知道誰是兇手。

一個男子走路的時候差點被意外墜落的鋼筋砸到，雖然撿回了一命但也因此而昏迷，所幸他被少年偵探團發(fā)現(xiàn)，為確認身份，大家打開了他隨身攜帶的包，卻發(fā)現(xiàn)里面有繩子、手套和遺書，難道他準(zhǔn)備自殺？這時，這個叫真中的男子醒了過來，可他卻失去了記憶，光彥認為他一定是遇到困難所以才想不開，便決定幫助他，但隨著調(diào)查的深入，柯南卻發(fā)現(xiàn)了一個陰謀……

阿笠博士帶著少年偵探隊來到岡山縣倉敷市展開了一場古代史之旅，他們在這里結(jié)識了因同學(xué)會而重新聚在一起的五名男女，然而就在大家按照撿來的暗號進行尋寶時，卻發(fā)現(xiàn)那五人中的一人突然死亡，另外一個則被當(dāng)做重要關(guān)系人接受調(diào)查，根據(jù)少年偵探隊所找到的時光保存罐以及死者留下的死亡訊息，柯南斷定兇手就在剩下的四人中，但要抓住真兇，就必須要找到其他兩個時光保存罐。

在案件調(diào)查過程中小蘭對柯南的身份起疑，于是，她緊盯柯南的一舉一動，就在她向新一的手機發(fā)送信息想要證實自己的想法時，狩谷家的門鈴再次響起，可門口卻沒有人，仆人說這種惡作劇時常發(fā)生。之后，警方又對家中的三個嫌疑人進行偵訊，并在柯南的引導(dǎo)下推理出了事情的真相，沒想到兇手竟然與12年前的案件有關(guān)聯(lián)。

柯南和小蘭遇到了正在辦案的高木警官，對于命案異常敏感的柯南立刻就進入了推理狀態(tài)，死者是工廠社長北村，他被人用刀刺向了胸口，警方很快就抓捕了嫌疑人南田，雖然案發(fā)當(dāng)天他來找過北村，但兇器上并沒有發(fā)現(xiàn)他的指紋，更奇怪的是，兇器刺入的角度不符合常理，即便如此，警方認定他就是兇手，可是他到底采取了什么犯案手法？