小五郎骨折住院，某天夜晚他看到對(duì)面的房間有殺人的黑影，匆忙趕去后，卻發(fā)現(xiàn)屋里什么都沒(méi)有，接下來(lái)的幾天，發(fā)生了同樣的事情，主治醫(yī)師白井說(shuō)可能是因?yàn)槠诙a(chǎn)生的幻覺(jué)，但柯南卻認(rèn)為事件沒(méi)那么簡(jiǎn)單，他陪夜的當(dāng)晚也看到了殺人場(chǎng)景，兩人一起跑出去，當(dāng)他趕到小五郎身邊時(shí)，卻發(fā)現(xiàn)小五郎已昏倒，旁邊還躺著已經(jīng)死去的江藤醫(yī)生，小五郎就這樣糊里糊涂的成了「殺人兇手」……

柯南小蘭等人在修好高中看棒球賽時(shí)，理事長(zhǎng)室的優(yōu)勝錦旗被人割破，就在大家議論誰(shuí)是犯人時(shí)，棒球隊(duì)主投小偉自首說(shuō)這件事是自己做的，而他的母親卻說(shuō)是她做的，柯南認(rèn)為事情不會(huì)那么簡(jiǎn)單，便和園子偷偷溜到理事長(zhǎng)室，仔細(xì)觀察了錦旗后，他知道了犯人是誰(shuí)，并利用變聲領(lǐng)結(jié)將大家叫到理事長(zhǎng)室揭露了兇手。

小五郎的師傅塩田，在劇院找到了處理威脅事件的小五郎，而此時(shí)，他們正趕上女主角祥子和男主角宇田彩排一出殉情的戲碼，可祥子卻在演戲中被真正的毒殺，當(dāng)所有的嫌疑都指向和水杯有關(guān)系的館岡和中山時(shí)，塩田卻搖頭否認(rèn)，期間小五郎意外受傷而離開(kāi)。思考陷入瓶頸的柯南，從塩田突然談起的芥川龍之介的《蜘蛛絲》得到啟示，找出了兇手。

某日，一個(gè)自稱(chēng)柯南媽媽的陌生女人來(lái)接他，柯南第一反應(yīng)就是她可能是黑衣組織的人，因?yàn)樗宄履霞业牡准?xì)以及他的真實(shí)身份，期間，柯南雖趁機(jī)逃脫，但去找阿笠博士的時(shí)再次候被抓，他聽(tīng)到了那個(gè)女人和一個(gè)面具男討論交易藥物的事情，待他們離開(kāi)后柯南按照那伙人留下了線索找到交易地點(diǎn)，可不幸的是他行跡暴露，面具人對(duì)他槍口相向……

當(dāng)晚發(fā)生殺人案件的書(shū)房是完全的密室，而屋外的雪地上也沒(méi)有腳印。犯人是怎樣到書(shū)房的呢？在大家都將兇嫌箭頭指向搞外遇的妻子和情夫時(shí)，柯南卻看出破綻。一樁多年前的恩怨所埋下了憤恨的殺機(jī)的事實(shí)漸漸浮出了水面。最終柯南發(fā)現(xiàn)了兇手的犯罪手法并將其公之于眾，而兇手也最終承認(rèn)了因?yàn)槊妹玫娜ナ蓝饸⒛畹氖聦?shí)。