柯南、小蘭和園子一起去醫(yī)院看望國中同學(xué)的時候，遇到了拿著照片四處詢問的本堂英祐，照片上的人正是水無憐奈，但英祐卻堅持認為水無憐奈和姐姐是兩個人，于是，小蘭打電話給水無憐奈的超級粉絲庵野進行確認，沒想到對方竟然說她打錯了，隨后一行人來到庵野家，他的母親正準備出門取錢，柯南察覺到事有蹊蹺，斷定讓她打錢的那個人根本就是詐欺犯，在大家的幫助下，詐欺犯被送往了警局，而尋找水無憐奈也進入了正題。

小蘭興致勃勃的來到妃英理的律師事務(wù)所，試圖幫父母慶祝他們第一次約會紀念日，可妃英理卻在接了一通電話后匆匆離去，之后小蘭在一個大花瓶里發(fā)現(xiàn)了自己媽媽和陌生男人在一起的合照以及結(jié)婚戒指，氣憤的小蘭一路跟蹤到了一家咖啡館，卻看見妃英理正在和照片上的男人一起喝咖啡，就在小蘭想要揮舞拳頭沖向這個“外遇男”時，柯南的一句話打消了她的念頭。

沒過多久，綁匪就打來電話威脅柯南他們盡快找到寶藏，不然難?；以麄儼踩Ｈ嗣P(guān)天，柯南絞盡腦汁想要破解暗號，他發(fā)現(xiàn)萩市地圖與貓圖相吻合，而貓眼的地方就是線索的所在，于是，他們來到了円政寺，并在這里找到了日記中被撕掉的一頁，柯南將這些零散的圖片拼接成一條路線，大伙兒照此地圖找到了一個地下山洞，就在寶物將要到手之時，黑衣人綁匪出現(xiàn)……

小說家萬田年久在旅館里趕寫小說，在編輯島木催稿離開房間后，萬田化裝成服務(wù)生，帶著貓咪諾貝爾離開了旅館。萬田路過柯南等人打簡易棒球的場地，進入了弟子原本高平的家。萬田從代理作者原本那里得到原稿后，將其殺害了。而偶然將球打入的柯南一行進入房間后發(fā)現(xiàn)了被殺的原本。柯南則發(fā)現(xiàn)了萬田的不自然。

簡單問過案情之后，小五郎隨警方來到案發(fā)的二樓進行查看，根據(jù)死者頭部的槍傷，推斷出兇手的身高應(yīng)該在在180cm左右，雖然船本先生有嫌疑但卻低于死者，種種推斷都否決了船本殺人的可能，然而，柯南卻在他輪椅上發(fā)現(xiàn)了蔥，沒錯，兇手就是他，可是他到底是如何犯案？消失的珍珠項鏈又被如何處理了？