柯南在靈車中發(fā)現(xiàn)了遺失的遺囑，小蘭和少年偵探團(tuán)趕到會(huì)場(chǎng)后才發(fā)現(xiàn)葬禮已經(jīng)結(jié)束，而靈車正開(kāi)往火葬場(chǎng)。情況十萬(wàn)火急，小蘭等人在尸體火化前趕到了火葬場(chǎng)，而棺材內(nèi)卻并沒(méi)有找到柯南，在大家束手無(wú)策時(shí)又傳來(lái)了柯南的訊息。靈車有兩輛，而載著柯南的老舊靈車正駛向報(bào)廢場(chǎng)，在不知道靈車內(nèi)有人的情況下柯南的處境十分危險(xiǎn)。

為了紀(jì)念戰(zhàn)國(guó)武將信長(zhǎng)入主岐阜城450周年，偵探少年團(tuán)和阿笠博士來(lái)到岐阜市內(nèi)游玩。在光彥的提議下，眾人共同觀看了當(dāng)?shù)氐挠⑿坌惚硌荨１硌萁Y(jié)束后，光彥因想得到簽名而獨(dú)自返回觀看場(chǎng)所，然而他卻在尋找表演人員的過(guò)程中遭到綁架……與此同時(shí)，在博物館展出的信長(zhǎng)公像也一并失竊。光彥能否獲救？柯南眾人尋盡線索，希望迅速找出幕后黑手。

根據(jù)友寄夫人的回憶，寫有打開(kāi)機(jī)關(guān)盒方法的紙條被丈夫藏在了某本書中，眾人紛紛開(kāi)始查閱圖書館中的藏書。柯南在回憶友寄夫人所言之后，頓悟了紙條被藏匿的方法，并推理出紙條所在的書籍。正當(dāng)眾人齊心協(xié)力想要從書中找出紙條時(shí)，圖書館突然停電陷入一片黑暗，柯南等人趕緊前往放置機(jī)關(guān)盒的展廳，卻發(fā)現(xiàn)基德早已留下卡片逃之夭夭。

不久，王聰聰父親來(lái)找魏老師要求轉(zhuǎn)學(xué)，還將那本畫有漫畫的書拿給老師看，王聰聰父親覺(jué)得秋實(shí)小學(xué)的文化氛圍不行，米小圈和姜小牙以及鐵頭聽(tīng)到非常驚訝，好不容易建立起來(lái)的友誼現(xiàn)在卻要中斷，他們給王聰聰辦了熱烈的歡送會(huì)。一天，米小圈的父親接到一個(gè)電話，是王聰聰父親打來(lái)的，兒子被帶回家自學(xué)，將自己關(guān)在書房很多天，不吃不喝，只提出要見(jiàn)米小圈，王聰聰父親趕緊把米小圈叫去，米小圈幾個(gè)鬼臉做完，王聰聰變又樂(lè)不可支了。經(jīng)過(guò)這件事，王聰聰父親開(kāi)始反省自己平時(shí)給米小圈的壓力太大，準(zhǔn)備今后帶他經(jīng)常出去玩玩，王聰聰終于肯出門了，平時(shí)在父親的高壓下學(xué)習(xí)，差點(diǎn)造成抑郁。而米小圈的父親覺(jué)得自己兒子非常健康，但是去到王聰聰家后，面對(duì)滿墻的獎(jiǎng)狀，他也開(kāi)始反省，是不是自己“散養(yǎng)”的教育方式才讓米小圈沒(méi)有王聰聰優(yōu)秀，從王聰聰家回去，米小圈父親也特意騰出一間房子作書房，滿墻的書籍，滿墻的名人札記，米小圈看了直接嚇得暈倒！這天，米爸開(kāi)心地宣布他們一家要到新馬泰旅游，米小圈興奮地向全班同學(xué)宣布，終于有吹牛的資本了，再也不被姜小牙比下去，可是萬(wàn)萬(wàn)沒(méi)有料到，父親訂單的旅游景點(diǎn)是在中國(guó)，并且標(biāo)準(zhǔn)的農(nóng)家樂(lè)，只是名字起得如此大氣，米小圈大失所望，

目睹柯南墜崖的眾人陷入了痛苦和無(wú)助之中，警察署的搜查工作也一籌莫展，然而小哀卻覺(jué)得此事另有蹊蹺，便獨(dú)自上路尋找柯南。另一方面伊勢(shì)原在柯南的幫助下成功脫險(xiǎn)，二人在山中的木屋與小哀相遇。在三人的設(shè)計(jì)和警方的幫助下，抓捕佐羅的行動(dòng)圓滿完成。正當(dāng)眾人以為此事已畫上句點(diǎn)時(shí)，柯南卻發(fā)現(xiàn)案件仍有疑點(diǎn)……