小蘭和小五郎按照指示來到了車站，就在這時阿波羅發現了在車站里奇怪的男人并得到了接下來的線索U字。之后小蘭一行來到了接下來的提示的瓷器店而這時阿波羅和母親一起離開剩下小五郎和小蘭繼續尋找線索。第二天在警方的要求下小蘭眾人繼續破解沒有完全解開的暗號，而就在眾人解開暗號來到會場之后，柯南發現賽場上的米奈芭有些不對勁！

阿笠博士帶著少年偵探團一起去參觀西田在家里建造的水族館時，遇到了旅行回來的西田的學生井村，他們用備用鑰匙進了房子，沒想到光彥和元太竟然在廁所的浴缸里發現了西田的尸體，柯南注意到了死者脖子上的針孔、手指上的粘著劑、關閉的浴室電燈，并且還在步美的提醒下看到了水族箱里死去的蝦，這種種跡象表明西田是被人蓄意謀殺的，可是警察確認為這是意外事件，就在他們準備結案時，柯南說出了真相！

這天作為地區體驗采訪的嘉賓，小蘭和柯南來到了岡山。在參觀美術館的時候遇到失去記憶的奇怪女人，而在經過檢查后發現身上還有扭打的痕跡。而趕來小五郎接受了調查她過去的委托。通過她畫的畫小蘭她們開始尋找她的記憶，而就在這時柯南發現她們被跟蹤了。在來到野崎家的大宅之時出現了認識她的人而她的名字是吉瀨萬由美，找回名字的萬由美卻突然逃走了！

遭到魔犬追擊的和葉和小蘭趕緊跑到屋里躲起來，沒過一會，魔犬就消失了蹤影只留下一串火腳印，以此同時，從佐紀案發現場找到玻璃球的柯南等人也趕來宅邸，據和葉和小蘭回憶她們當時不僅聞到了洋蔥味還看到腳印在跳動，這時，養子知晃說起了美我子溺斃沼澤旁邊的奇怪小木屋，于是，一行人又前往沼澤進行查看，沒想到魔犬再次出現。

阿笠博士和少年偵探團在河灘看螢火蟲的時候，垂水打電話給運來螢火蟲的中嶺，不想電話的另一邊卻傳來痛苦的呻吟聲，于是大伙兒匆忙驅車趕往事發地點，到達時中嶺已經在自己的車子里停止了呼吸，在他的旁邊還有一瓶有毒的飲料，有四人具有犯案嫌疑小和田道武以及他的女兒小葵、垂水和達馬，就在鳴龍梳理案情時，柯南注意到了元太從垂水車上拿的手電筒，這正是破案的關鍵！