毛利小五郎受久須美工械廠社長(zhǎng)的委托，調(diào)查工廠零部件被偷的案件，為了不引起職員的警惕，柯南和小蘭也一同隨行假裝參觀。在對(duì)職員們暗中調(diào)查后，行為怪異的谷崎成為毛利小五郎的懷疑對(duì)象，三人計(jì)劃在倉(cāng)庫(kù)抓住罪犯的現(xiàn)行，不料卻發(fā)現(xiàn)谷崎死在了反鎖的房間里。正當(dāng)案件一籌莫展時(shí)，谷崎生前研究的老鼠機(jī)器人引起了柯南的注意。

不分晝夜騎著巨大摩托車四處游蕩的天城達(dá)也遇害，生前給周圍居民帶來(lái)不小困擾的他遭到了人們的冷漠對(duì)待，大家都很慶幸有人殺了他。應(yīng)當(dāng)擔(dān)任與天城達(dá)也溝通協(xié)商的居委會(huì)會(huì)長(zhǎng)番藤?gòu)┮凰涝诹俗约旱募抑校m然現(xiàn)場(chǎng)布置成了自殺的模樣，但柯南和小五郎還是看出了端倪，這一點(diǎn)被咖啡廳的老板金滿豐子證實(shí)，她提出昨晚番藤根本就不會(huì)與天城見(jiàn)面。

少年偵探團(tuán)的理科自由研究作業(yè)是拍攝鎮(zhèn)子的全景照片，為此阿笠博士帶他們來(lái)到云丸山露營(yíng)，在山中小屋他們遇到了正在爭(zhēng)吵的四人，而三年前意外去世的元木是他們爭(zhēng)吵的焦點(diǎn)。爭(zhēng)吵過(guò)后岳美負(fù)氣離開睡在了懸崖底下，半夜的時(shí)候榮子等人為三年前因意外去世的元木默哀，正好醒來(lái)的柯南見(jiàn)證了這一幕，但在第二天元太卻發(fā)現(xiàn)山下的岳美小姐倒在了血泊中。

警方開始調(diào)查啤酒王子南北家O太郎的死因，大家都有不在場(chǎng)證明，小五郎斷言這是一場(chǎng)意外事故。但警方卻從Q次郎的尸檢報(bào)告中發(fā)現(xiàn)了疑點(diǎn)，經(jīng)檢查發(fā)現(xiàn)Q次郎尸體肺部里的水并不是池塘水而是自來(lái)水，而O太郎的房間里發(fā)現(xiàn)了監(jiān)聽器，上面還有Q次郎的指紋。更令人驚訝的是桌子上留下的指紋是O太郎的，而這指紋竟然與七年前搶劫殺人案犯人留下的指紋是一致的。

在被害人波土的遺物中發(fā)現(xiàn)了他親手所寫的字條，經(jīng)紀(jì)人和社長(zhǎng)隨即回憶起了波土生前的往事，眾人這才得知經(jīng)紀(jì)人小姐原來(lái)竟是波土的前女友。而在舞臺(tái)上發(fā)現(xiàn)的繩索和折疊椅也為柯南等人提供了線索，經(jīng)過(guò)波本對(duì)繩索的一番講解和演示，眾人共同推理出了波土的死因和兇手的真實(shí)身份。