《紅樓夢》被定為禁書，在民間卻廣為流傳，可人們看到的大多是斷篇殘簡，如何能讓這部奇書完好無損，不致遭到失傳的厄運，紀曉嵐頗費周折。從湘云的詩謎得知書稿尚在藏經閣中，寫盡人間男女情愛的書卻混在四大皆空的佛經當中，這中間所蘊藏的悲涼，真是令人嘆之不已。 莫愁、小月押運《紅樓夢》書稿途中，被福康安率兵擄去，二人愧疚，負荊請罪，紀曉嵐忙請之釋懷，原來箱中不過是一堆石頭，老奸巨滑的和這一回不肯上當，派人偷偷潛入藏經閣，終于把《紅樓夢》全本真跡搶在手中。 莫愁心生一計，與小月攜手來到一家熱鬧的戲園，原來和寵愛的九姨太正與一武生演員眉來眼去，趁二人私會之際，莫愁和小月劫持了妖冶風騷的九姨太，想以此作籌碼，與和討價還價。 為挽救書稿，湘云不顧個人安危，冒死求見和，幻想求得他的理解欣賞，深知和貪婪好色，聞聽湘云只身入虎穴，紀曉嵐擔憂不已。

經過和珅的一再要求，紀曉嵐告訴和珅關于直隸州縣由于災情而欠收之事。和珅懇請乾隆將用作修繕行宮的款項用于賑災。乾隆和紀曉嵐對他刮目相看。老中堂阿桂讓紀曉嵐幫十五阿哥選老師。考慮到十五阿哥很可能會繼承皇位，紀曉嵐推薦了正直而又默默無聞的朱石君。賈三擔心小月替紀曉嵐說媒，貴寧勸賈三與和珅聯手教訓紀曉嵐。和珅得知貴寧的姐夫就是海升后，頓感“踏破鐵鞋無覓處，得來全不費功夫”，并一改往日對貴寧的冷淡，暗示要想對付紀曉嵐就要先除掉海升這個得力助手，而除掉海升就要從其妻下手。

小月、莫愁趁夜色正濃，救洪御史出逃，但因翻找藏在石料間的帳本，耽擱了時間，未及上路，即被尚榮等圍追堵截。洪霞以御扇相威脅，無奈尚榮橫下心來，必置之死地而后快。 尚榮親審洪御史，曲陽縣令仗義執(zhí)言，通融不成。尚榮判洪家父女與小月三人斬立決。千鈞一發(fā)之際，皇上一行匆匆趕到，一見此景，直隸總督尚榮頓時全身發(fā)軟，癲倒在地。 三百里流放之路走下來，里里長見識，里里有故事，并抓獲了修建望春園時貪污經費的元兇，真是不虛此行。但為了小小地教訓一下沒少難為自己的紀曉嵐和總是又瞞又洪的和，找回心理平衡，皇上有意找碴把二人又關進大牢。 在紀曉嵐眼里，和是一個以邀諂媚為己任的小人，而和則說紀曉嵐聰明反被聰明誤，無端招惹是非。皇上離不開兩位讓人讓人愁的臣子，竟來到獄中與二人做起了文字游戲。

小月望著一片廢墟、傷心之極。從小春口中得知紀曉嵐等已從暗道逃走，小月破涕為笑。乾隆向百官念叨缺少銀兩以備軍需，紀曉嵐帶領著工匠出現，許諾可以幫乾隆解決難題。人證、物證俱在，齊蘇圖只得低頭認罪。銀妃以死要挾乾隆放過齊家。見乾隆不為所動，銀妃自盡。和珅為了擴大自己在朝中的勢力，暗中支持村夫李二組織邪教，從而謠言惑眾，籠絡人心。一時之間，朝廷內外盡是李二的信徒。工部因大做法事導致衙門失火。和珅答應撥款給工部金尚書以重修工部衙門。御史海升之妻組氏參加了當日作法，海升將失火原因告知了紀曉嵐。和珅同黨吳省蘭將作法用書《佛法心經》奉與皇上，并夸口只要通讀此書，便可百病不侵。和珅不失時機地推薦吳省蘭任左都御史。乾隆以紀曉嵐著成《四庫全書》為由，指派他上任左都御史，并對其寄予厚望。紀曉嵐上任之時，和珅的黨羽劉構傲慢無禮地當眾打坐，向紀曉嵐挑釁。紀曉嵐覺察出邪教實力強大，決定剝繭抽絲，調查到底。

紀曉嵐與和聯手派人護送御醫(yī)呂長安安在回京，這對多年來的冤家對頭即使在相互合作時也不忘反唇相譏，彼此嘲謔。 從呂長安之口，眾人才知四姑娘與十四王爺乃是藥方奇案的罪魁禍首，眼前紙包不住火，陰險毒辣的十四王爺決定丟卒保車，要四姑娘刺殺紀曉嵐后再自殺，以消滅罪跡，眼見自己忠心耿耿追隨的人竟如此冷酷無情，四姑娘徹底絕望，將一劑毒藥一飲而盡。 紫禁城內，皇上召見文武百官，和得意洋洋肆意表功，紀曉嵐巧設圈套，使和、福康安挪用貢品的不義之舉和此后協助自己調查藥方密案的合作之功一一道出，搞得二人一驚一乍。 十四王爺應召入宮見駕，藥方奇案終于到了真相大白的時候。