小林老師在圖書館里發(fā)現(xiàn)了一個牛皮錢包，那里放了小學(xué)一年級時小蘭留的字條。事情追溯到十年前，為證實謠言的真假，小蘭和新一夜訪校園，不想?yún)s在學(xué)校圖書館遇到了一個自稱是新一弟弟的神秘男子，他向新一發(fā)出挑戰(zhàn)并在留下了一個裝有暗號的牛皮錢包后離開。于是，新一和小蘭二人就在阿笠博士的幫助下展開了解謎暗號的尋寶之旅！

一名老護(hù)士告訴柯南，她以前見過英祐并且在他小的時候還因白血病做過手術(shù)。另一方面，得知杯戶中央醫(yī)院被黑暗組織入侵后，柯南和FBI立刻對醫(yī)院的病人進(jìn)行了排查，其中最具嫌疑的有三個人，為找出那個在醫(yī)院調(diào)查水無憐奈的人，柯南想出了一條妙計，他直接與這三個嫌疑者接觸，最終將目標(biāo)鎖定，在接下來的行動中，柯南和FBI又能得到什么樣的線索？

柯南、小蘭和小五郎一起去逛商場，沒想到書店附近傳來了一聲尖叫，只見一名男子渾身是血昏倒在地，接到電話的警方火速趕到并立刻封鎖現(xiàn)場，期間柯南和偶遇的灰原從一名小偷那里得知了歹徒的些許信息，之后，二人又對樓上的牙科診所進(jìn)行了調(diào)查，根據(jù)搜集到的信息，他們鎖定了目標(biāo)，就在歹徒企圖再次傷人時，警察及時趕到。

新一、小蘭和阿笠博士依照暗號的指示一路來到了米花辦事處，并在樓頂找到了最后一個暗號，這個寫有s→w的暗號到底是何含義？阿笠博士說這或許代表方向，而此時出現(xiàn)在西南方的竟是泛紅的夕陽，新一認(rèn)為這都是爸爸想讓自己看到落日才出的暗號。講完這個十年前的故事后，柯南突然發(fā)覺有哪里不對，便重新將這個事件重新梳理，驚奇發(fā)現(xiàn)這個謎題其實是……

鈴木次郎吉宅邸中的大保險柜——鐵貍是由幕末的機(jī)關(guān)師三水吉右門衛(wèi)制造的無法攻陷的最強(qiáng)保險柜。針對鐵貍，怪盜基德拋出了挑戰(zhàn)書，揚(yáng)言自己將打開那個擊退了無數(shù)盜賊的堅固門扉，然而在鐵貍外，次郎吉還安裝了與重量傳感器聯(lián)動的防盜裝置，任誰想要接近保險柜都極其困難。在預(yù)告作案的當(dāng)天，中森警官率領(lǐng)警隊進(jìn)行了嚴(yán)密的布防，可是基德的第二封預(yù)告信還是出現(xiàn)在了保險柜前，難道他已潛入宅邸？