服部和女友和葉受人委托前往鳥取縣傀儡嶺的武田家，但卻在途中迷路，還遇到了一位叫羅伯泰勒的外國人，這時，同樣受到武田家的邀請，為他們解開傀儡嶺蜘蛛之家謎團(tuán)的柯南等人剛好從旁邊經(jīng)過，在他們到達(dá)的當(dāng)天晚上，武田家的長子信一在木偶倉庫的二樓吊死，接著和葉的身后出現(xiàn)了可疑的人影。

小五郎和朋友分開，一個人醉醺醺的在街上游蕩時，碰到了有過幾面之緣的佐知子，她邀請小五郎和她一起兜風(fēng)，之后，小五郎在送佐知子回到家時，發(fā)現(xiàn)她的室友和美被殺，最有可能的人就是佐知子，但是她當(dāng)時和小五郎在一起，有充分的不在場證明，那么到底是時間的錯亂？還是兇手另有其人？

就在警察找不到任何線索想要以自殺結(jié)案時，柯南把在案發(fā)第一現(xiàn)場找到的領(lǐng)帶別針交給警方，這就推翻了自殺的說法，但想要抓到兇手，還需要找到更加有決定性的證據(jù)。這時，柯南注意到了在案發(fā)現(xiàn)場發(fā)現(xiàn)的繩子，他突然想到什么，就跑到旁邊的枯井，一切不出他所料，兇手就是那個人，他再次將小五郎麻醉，揭秘流傳至今的五重塔傳說以及兇手！

貴和子的未婚夫雅彥打來電話希望朋友們可以把保險證送到醫(yī)院，于是，一群人便驅(qū)車趕往醫(yī)院，途中柯南從小蘭和她媽媽妃英理的談話中得到啟示，趕到醫(yī)院時貴和子還沒有脫離危險，柯南麻醉小五郎后，讓大家來到院長室將整個案件的來龍去脈詳細(xì)分析，并找出了蓄意謀害貴和子的兇手。

柯南和服部發(fā)現(xiàn)所有的被害者都有開車的記錄，深入調(diào)查后服部等人察覺到事情可以追溯到20年前，因為所有的被害者都畢業(yè)于同一所駕校，并且畢業(yè)那天，他們的教練因酒駕而喪生，案情剛有進(jìn)展小蘭就接走了柯南，途中他們逮捕了和此事相關(guān)的通緝犯沼淵，而另一邊，服部則前去找和被害者們同一屆畢業(yè)的鄉(xiāng)司議員，在等待的過程中，服部從20年前那張駕校的畢業(yè)照上發(fā)現(xiàn)了事情的真相。