外出露營的少年偵探團為了避雨來到了一棟別墅，別墅內的男傭人告訴大家最近房間內有幽靈出現。在交談中，柯南等人得知別墅的女主人不久前剛剛去世，而男主人則認為幽靈是女主人回到了家中。關于出現幽靈一事，女傭人似乎顯得十分不適，而男主人的侄子似乎行跡也有些奇怪。柯南察覺到幽靈之事必有蹊蹺，決心與少年偵探團一同查明真相。

唐三忍著被電的劇痛，用藍銀草把鐵籠子的欄桿死死捆住，他拼盡全力往外拉，藍銀草一點點被電枯萎，唐三被電到口鼻出血，鐵籠子的欄桿才拉開一個大縫，唐三因為體力透支暈倒在地，小舞和玉小剛急忙從大縫里出來攙起唐三。唐三掙扎著爬起來，他試圖召喚藍銀草，結果無動于衷，玉小剛勸他不要再浪費力氣了，他的武魂已經徹底廢掉了，蕭塵宇對唐三冷嘲熱諷，逼他俯首稱臣，玉小剛使出雙魂環，蕭塵宇根本不屑一顧，還取笑玉小剛是廢人，玉小剛讓唐三和小舞屏住呼吸，他召喚出沉睡的唐三炮，唐三炮跳起腳來沖蕭塵宇他們放了一個大煙彈，把蕭塵宇和柳龍等人當場熏暈，蕭塵宇揚言要追到圣魂村殺了他們，玉小剛惱羞成怒，返回來暴打他一頓，蕭塵宇嚇得連連求饒。玉小剛斷定蕭塵宇不會善罷甘休，唐三想回圣魂村把父親一起接走。王圣不肯放過這難得的報仇機會，把蕭塵宇一刀斃命。凌風聞訊趕來，看到蕭塵宇被割喉而死，就把昏迷的柳龍叫起來問明緣由，凌風看到被掰彎的鐵籠子，得知此事是玉小剛，唐三和小舞所為，讓柳龍把在場的侍衛都叫起來，一起去圣魂村追殺唐三他們，否則城主會讓所有人陪葬。唐三帶著小舞和玉小剛回到圣魂村，可唐昊不在家，玉小剛發現家具上落了厚厚的灰，猜到家里

柯南確信被警察盯上的千野并不是真正的犯人，而尸體的第一發現者福田先生和催促番藤與天城協商的江崎小姐都有殺人的機會，但在調查中柯南并沒有得到這方面的線索。案件的條理逐漸明確，犯人殺死天城和番藤的目的是為了陷害千野，想起千野偶爾擔任推理小說新人獎的審查后另一條線索出現了。

柯南和平次傳來歷史學家的死訊，眾人陷入恐慌，并認為是怪物鵺在作怪。平次吩咐大家各自回房不要出門，考古學家主動要求與小蘭交換房間。眾人回房后，柯南與平次在院子里和村長詢問細節，院子卻突然再次著火，與此同時樓上的考古學家似被不明物體擊中，慘叫一聲后倒在房內，待柯南等人趕到時已經喪命。經過一番調查和推理，柯南和平次似乎有些眉目，而那只被大家遺忘在家中的狗突然引起了二人的注意。

在被害人波土的遺物中發現了他親手所寫的字條，經紀人和社長隨即回憶起了波土生前的往事，眾人這才得知經紀人小姐原來竟是波土的前女友。而在舞臺上發現的繩索和折疊椅也為柯南等人提供了線索，經過波本對繩索的一番講解和演示，眾人共同推理出了波土的死因和兇手的真實身份。