小五郎受邀來(lái)到Nijimura品牌店，卻正好目擊社長(zhǎng)仁地村被人綁架的畫面。社長(zhǎng)的妻子兼副社長(zhǎng)沙希，按照綁架犯的要求帶著一億贖金搭電車解救人質(zhì)，就在電車開往中戶呂鐵橋的時(shí)候，沙希按照指示將包包從窗戶丟到河里，而此刻正趕上泄洪，包包隨著增加的河水被沖走，待警方在五公里外的河岸發(fā)現(xiàn)時(shí)，贖金已經(jīng)被犯人拿走，而社長(zhǎng)仁地村也被殺害。雖然事情已經(jīng)結(jié)束，但柯南和小五郎卻重返現(xiàn)場(chǎng)進(jìn)行調(diào)查，并發(fā)現(xiàn)……

遭到魔犬追擊的和葉和小蘭趕緊跑到屋里躲起來(lái)，沒過(guò)一會(huì)，魔犬就消失了蹤影只留下一串火腳印，以此同時(shí)，從佐紀(jì)案發(fā)現(xiàn)場(chǎng)找到玻璃球的柯南等人也趕來(lái)宅邸，據(jù)和葉和小蘭回憶她們當(dāng)時(shí)不僅聞到了洋蔥味還看到腳印在跳動(dòng)，這時(shí)，養(yǎng)子知晃說(shuō)起了美我子溺斃沼澤旁邊的奇怪小木屋，于是，一行人又前往沼澤進(jìn)行查看，沒想到魔犬再次出現(xiàn)。

少年偵探團(tuán)與白鳥警官在電影院偶遇，期間，他回想起了自己想要成為警官的理由，這時(shí)，一名叫笠倉(cāng)那海的小姐與大家相識(shí)，并且她與白鳥警官曾經(jīng)相識(shí)過(guò)女孩一樣，會(huì)用吸管包裝紙做成的花帶裝飾樂(lè)杯，難道她就是白鳥回憶中的少女？在聽說(shuō)那海被跟蹤狂騷擾之后 ，大家一起前往她現(xiàn)居住的公寓 卻在發(fā)現(xiàn)她的男友橫尸家中，這是跟蹤狂犯下的命案嗎？還是這根本就是那海的自導(dǎo)自演？

園子的網(wǎng)球教練后藤貴雄即將參加比賽，為了給他加油打氣，園子和小蘭來(lái)到了北輕井沢，柯南去廁所的時(shí)候，發(fā)現(xiàn)后藤與兩名女生糾纏不清。沒想到他在和園子進(jìn)行男女混合雙打時(shí)突然昏倒在球場(chǎng)上，警方介入調(diào)查并初步斷定后藤被人下了毒，由于鑒識(shí)人員在園子手套上檢測(cè)出毒物反應(yīng)，所以山村警官認(rèn)定園子就是兇手，為幫園子洗清冤屈，柯南又會(huì)有何行動(dòng)？

連續(xù)三年都會(huì)在生日時(shí)會(huì)收到恐嚇信的?？屏瓠L子，為了今年的生日會(huì)能夠順利舉行而邀請(qǐng)毛利作為保鏢。來(lái)到保科宅邸的小五郎眾人發(fā)現(xiàn)屋子里有著眾多的時(shí)鐘，而對(duì)于時(shí)鐘的準(zhǔn)時(shí)性屋子的主任琉璍子也似乎有著非常人的執(zhí)著。在參觀屋子的時(shí)候柯南眾人還得知了屋子以前發(fā)生的事故，就在生日宴會(huì)中剛剛吹熄蠟燭的琉璍子突然被刺身亡！