為了完成寫生作業(yè)的少年偵探團來到了米花市的郊外，在那里他們看到了草叢上的UFO，而這與一起殺人事件有著關(guān)聯(lián)。正當柯南等人詢問高木警官時UFO的主人小沼博士出現(xiàn)了，在調(diào)查研究所時發(fā)現(xiàn)了死者和自己要好的大哥萬年先生都為大藏工作，小沼先生正好買了大藏的字畫，而身藏巨款的大藏臨死之前告訴死者和萬年的訊息便是UFO。

接受汀小姐的邀請小五郎一行人來到了大濱海岸，在汀小姐的家里小五郎等人遇到了她的丈夫海四郎，兩人因為沖浪的事情起了爭執(zhí)。傍晚海四郎找到小五郎等人表示汀小姐不見了，看到汀小姐發(fā)來的短訊后海四郎先行回到家中，而第二天早上小五郎等人卻在海灘上發(fā)現(xiàn)了汀小姐的尸體，而她的尸體旁邊卻沒有留下任何足跡。

備受期待的黑色玫瑰演唱會即將開始，因為門票而卷入麻煩的園子又遇到了錯怪她的古奈遙小姐，而古奈遙被偷走的門票竟然以事發(fā)咖啡廳的名義高價拍賣。還沒有出勤的雅子自然成為了被懷疑的對象，但當他們前去詢問時才發(fā)現(xiàn)雅子小姐已被人殺害，看似是偷竊殺人的現(xiàn)場卻讓柯南感覺到了強烈的違和感。

阿笠博士住在鄉(xiāng)下的老友龍?zhí)赡抢飫偤糜性麄兿胍纳钌介毙蜗x，在柯南等人捉蟲回來時卻發(fā)現(xiàn)龍?zhí)纱笫宓乖诹说厣希T口的佛像也不翼而飛，再留下“深山楸形”幾個字后龍?zhí)杀銜灹诉^去。與龍?zhí)捎型恋剡吔鐔栴}糾紛的周平和時常會偷盜佛像的慶都因與“深山楸形蟲”有關(guān)系而被懷疑，經(jīng)過調(diào)查而前往道之站的柯南認為兇手另有其人。

在小蘭的跆拳道社學(xué)姐鏡堂奈奈美的邀請下，少年偵探團的眾人來到了鏡堂家尋找傳聞中的寶藏，非常熱衷建筑的上一代家主鏡堂征太郎在這座宅邸中設(shè)下了各式各樣的機關(guān)，而沒有入口和窗戶的暗黑之塔也是其中之一，而在奈奈美帶領(lǐng)他們在宅邸四處參觀時突然聽到了女性的慘叫聲，奈奈美的母親不幸從塔上墜亡，前去調(diào)查兇手的途中灰原卻不見了蹤影。