紀曉嵐夜讀時又接到被扔進窗子的紙條，上面寫有郭天的消息，紀曉嵐懷疑黑衣人正是張了了。紀曉嵐夜探郭天，得到通報的和珅與盧焯眼見沒有退路，只得慌忙扮成囚犯躺在隔壁囚房。乾隆看到瑤琴乘坐的馬車很是欣喜，不料落入盧安的圈套，也被一同押走。乾隆三人被關在洞中，外面重兵把守。乾隆佯裝自殺以騙過盧安，再見機救出瑤琴。紀曉嵐終于醒悟，誓要擺脫情感糾葛，全力調查國庫虧空一案。紀曉嵐扮作江湖郎中，偶遇掌管賬本的宋司庫，以自己掌握的情況博得宋司庫信任，并抓住其惶恐的心理，以消災為由取得真賬本。和珅模不透紀曉嵐葫蘆里賣的是什么藥，便決定先下手為強，命盧安將瑤琴押回杭州以要挾郭天認罪，卻沒料到乾隆在盧安即將動身時救出瑤琴。

乾隆拜祭顏驥，碰到女扮男裝的如玉。乾隆對如玉的見解產生興趣。這時殺手趕到，乾隆挺身相救，并帶如玉從樓上一躍而下逃脫了追殺。紀曉嵐想到往年和珅都請自己給太后寫祝壽賦，于是想借此來向和珅交換煙桿。誰知和珅拿出戴沾的祝壽賦來賣弄，紀曉嵐仔細看過后指出賦中暗藏對太后不敬之辭，和珅氣急敗壞。御醫為如玉療傷，卻發現如玉實為女兒身。得知紀曉嵐將賦中暗語告訴和珅，戴沾痛斥紀曉嵐。紀曉嵐苦口婆心規勸戴沾不要因一時沖動而葬送終生，兩人盡釋前嫌。乾隆下旨除去紀曉嵐《四庫全書》總纂官的職務，和珅幸災樂禍。如玉醒來得知乾隆身份大驚。乾隆佯裝不知如玉為女兒身，邀其共眠，如玉百般推辭。乾隆裝睡，如玉想到乾隆賜死全家，欲殺乾隆報仇，但想到自己為乾隆所救又不忍下手，痛苦之時想一死了之，被乾隆攔下。乾隆心下斷定如玉與顏驥有關。和珅指使同為編纂官的馮大人到獄中探望戴沾，馮慌稱要把戴沾的手稿編纂成冊，卻暗中將手稿交給了和珅，以換取自己落在和珅手中的罪證。乾隆帶如玉前往四庫館。如玉盡顯才學，被乾隆指派到四庫館修書。

"東南亞某地。東南亞貿易商宋金言和北極國際貿易公司總經理一起進貨停了車。孫和平，現任北方機械廠副廠長兼國際貿易公司總經理，在廠里很多人看來，孫和平只不過是個賣耗子藥的，說難聽了那就是不務正業，但是不得不承認孫和平賣一包老鼠藥的利潤超過了一臺發動機的利潤，占了我市海外銷售的半壁江山，很不客氣地說，廠里現在全靠孫和平養著呢。宋金言很想要孫和平的耗子藥和發動機的代理，但是孫和平始終沒有答應。二人正在閑聊，幾輛警車突然到來，幾位特警端著槍朝他們緩緩逼近。北方機械廠黨委會討論新的廠長，孫和平是最好的候選人，指望他回來救廠子但是依舊有不少反對的聲音。廠子面臨倒閉，錢很重要。而此時，孫和平和宋金言面對東南亞的警匪大戲，躲在車底保命。這個時候接到錢書記打來的電話，讓孫和平回來當廠長，然而孫和平不愿意，更別說現場槍聲不停，他今晚也許就在這兒犧牲了。槍聲好不容易停了，孫和平松了口氣，但是他的老鼠全被打死了。宋金言聽說孫和平要回國的消息心情有些復雜，還在爭取東南亞的代理權，畢竟他們都快破產了。孫和平不同意，只要有他在，北機就不可能破產！龍書記要調到市里享清福了，錢書記請求他留在這里再幫幫自己，卻遭到了無情的

天高云談，秋爽宜人。小月興致勃勃地觀賞著藍天上飛舞的風箏，并偶然與來京面的書生祝軍豪相識。軍豪的誠篤、善良給小月留下了十分美好的印象。 皇上不臨早朝，卻專心致志地放起風箏來了，紀曉嵐毫不客氣地把風箏線扯斷。后被告知風箏乃是十八格格為湖廣兩地遭水患的災民祈福而做，紀曉嵐受命必須在三日之內找順斷線的風箏。 風箏隨風而去，飄落至軍豪干娘家，三姑是一俗氣的市井婦人，見風箏精致，便拿到街上欲賣幾分小錢，不想卻被官兵以倒賣皇家之物的罪名罰去掃街。 風箏落到和手上，他秘而不宣，卻假意替紀曉嵐著急，送來一張十八格格所制風箏的圖樣，紀曉嵐偏不上當，在仿做的風箏上特意標明“拋磚引玉”，以誠實贏得了皇上的諒解。 從來帝王多風流，自古美人愛英雄。備受太后青睞的莫愁，早已和皇上私通款曲，暗結珠胎了。這天，她因體弱暈倒，被太后得知實情。為了不傷害心上人，在雷霆大怒的太后面前，莫愁守口如瓶。

紀曉嵐與和聯手派人護送御醫呂長安安在回京，這對多年來的冤家對頭即使在相互合作時也不忘反唇相譏，彼此嘲謔。 從呂長安之口，眾人才知四姑娘與十四王爺乃是藥方奇案的罪魁禍首，眼前紙包不住火，陰險毒辣的十四王爺決定丟卒保車，要四姑娘刺殺紀曉嵐后再自殺，以消滅罪跡，眼見自己忠心耿耿追隨的人竟如此冷酷無情，四姑娘徹底絕望，將一劑毒藥一飲而盡。 紫禁城內，皇上召見文武百官，和得意洋洋肆意表功，紀曉嵐巧設圈套，使和、福康安挪用貢品的不義之舉和此后協助自己調查藥方密案的合作之功一一道出，搞得二人一驚一乍。 十四王爺應召入宮見駕，藥方奇案終于到了真相大白的時候。