小五郎的師傅塩田，在劇院找到了處理威脅事件的小五郎，而此時(shí)，他們正趕上女主角祥子和男主角宇田彩排一出殉情的戲碼，可祥子卻在演戲中被真正的毒殺，當(dāng)所有的嫌疑都指向和水杯有關(guān)系的館岡和中山時(shí)，塩田卻搖頭否認(rèn)，期間小五郎意外受傷而離開(kāi)。思考陷入瓶頸的柯南，從塩田突然談起的芥川龍之介的《蜘蛛絲》得到啟示，找出了兇手。

柯南在朋友們?nèi)D書(shū)館做讀書(shū)報(bào)告時(shí)，警察突然來(lái)詢(xún)問(wèn)圖書(shū)館職員玉田失蹤一事，館長(zhǎng)津川表示自己也不清楚，警察做了簡(jiǎn)單的搜尋后離開(kāi)。但少年偵探團(tuán)留到夜晚做深入調(diào)查，期間館長(zhǎng)曾鬼鬼祟祟的來(lái)過(guò)一次，等他離開(kāi)后，大家發(fā)現(xiàn)館長(zhǎng)在利用圖書(shū)館進(jìn)行販毒交易，當(dāng)他們找到被館長(zhǎng)殺害的玉田的尸體時(shí)，沒(méi)想到館長(zhǎng)也發(fā)現(xiàn)了他們，少年偵探團(tuán)能否順利脫險(xiǎn)？

某天，小五郎，小蘭和柯南三人走到坂口家時(shí)，討論起了他的愛(ài)狗約翰和他八年前自殺的兒子，這是，突然沖出一名女子大喊小剛被約翰殺死，原來(lái)是坂口先生拜托小剛在他出差的時(shí)候照顧約翰，可沒(méi)想到能釀成這樣的悲劇，柯南在調(diào)查坂口兒子正人自殺的事時(shí)，發(fā)現(xiàn)正人的自殺和小剛有關(guān)，坂口成為最大的嫌犯，可他到底下了什么命令讓約翰襲擊小剛？

小五郎帶小蘭和柯南看上山看櫻花時(shí)，因?yàn)槊月泛捅ケ焕г谏缴希@時(shí)又下起了雨，他們找到了一家寺院投宿，這里除了主持以外還有四個(gè)修行僧寬念、屯念、木念、秀念，在交談中，柯南等人模糊的知道了下雨天霧天狗殺人的傳說(shuō)。第二天，寬念在修行的房間發(fā)現(xiàn)了主持被吊在房梁上的尸體，而同樣的事情曾在兩年前也發(fā)生過(guò)。

小蘭和園子去東都銀行取錢(qián)的時(shí)候，碰上了搶銀行的歹徒，他用槍威脅銀行職員谷口將現(xiàn)金裝入背包，趁歹徒放松警惕，蘇醒過(guò)來(lái)的銀行職員前島正要從背后攻擊的時(shí)候，電話(huà)鈴聲突然想起，前島被射傷，此時(shí)，銀行一片惶恐，谷口沖上去撲倒歹徒將他擊斃。當(dāng)警察趕到時(shí)，柯南注意到了電話(huà)鈴聲，他認(rèn)為此事并非單純的搶劫案，而是另有內(nèi)幕。