柯南們?nèi)⒂^步美發(fā)現(xiàn)的可愛的新房子。從閣樓的天窗可以看到毛利偵探事務(wù)所的一部分。2天后柯南們從步美那聽說，那個(gè)房屋賣掉了。據(jù)說買主是一對(duì)70多歲的老夫婦。而在柯南他們認(rèn)識(shí)那個(gè)房屋里的老太太之后，偷拍在事務(wù)所吃晚飯的柯南們的人物也出現(xiàn)了，竟然是住在閣樓的家的老夫婦！而柯南也最終發(fā)現(xiàn)了老夫婦的真實(shí)身份。

水中逃脫魔術(shù)失敗的冬城在水槽內(nèi)明顯是筋疲力盡而小五郎，柯南，目暮警長等人則在錄像中確認(rèn)了當(dāng)時(shí)的情況。冬城的死因確定是溺死，但到底這是事故，還是誰事先策劃的謀殺卻不得而知，這時(shí)小五郎卻發(fā)表了自己的推理，但很快被推翻。而在調(diào)查了現(xiàn)場(chǎng)之后柯南最終確定了犯人的身份，“沉睡的小五郎”也最終在眾人面前揭露了犯人的真面目。

緊張的氣氛不僅圍繞在賽場(chǎng)上，在場(chǎng)下尋找另一支寫有其他線索手機(jī)的柯南、服部和大龍警官也正在絞盡腦汁的破解暗號(hào)，柯南還特意借來小五郎的收音機(jī)以方便了解賽場(chǎng)上的情況，所幸在第二支手機(jī)響起之時(shí)被服部順利找到，可接下來等待他們的卻是另外一組費(fèi)解的數(shù)字，經(jīng)過商量，三人決定分頭行動(dòng)，雖然最終還是找到了第三只手機(jī)，但里面的所留下的線索只有一個(gè)括號(hào)和數(shù)字13，柯南和服部能否解開這個(gè)不同于前兩次的數(shù)字暗號(hào)？

搞笑藝人廣松晨跑的時(shí)候發(fā)現(xiàn)了一具尸體，驚慌失措的他便匆忙報(bào)警，不想他這個(gè)第一發(fā)現(xiàn)者卻成了最大的嫌疑犯，因?yàn)槭w擺出的剪刀手正好與廣松的藝名一樣，高木警官了解案情之后，認(rèn)為自己的朋友絕對(duì)不會(huì)殺人。另一方面，柯南從死者的朋友那里得知了一些關(guān)鍵信息，于是在他的引導(dǎo)下，一心想要幫朋友洗清冤屈的高木警官推理出了這個(gè)讓人心酸的真相。

如果想要找到大寶石就必須先尋得與瓊曲玉 八咫鏡齊名的第三件神器——草雉劍，離開了骷髏遍地之所，一伙人來到了一處地下溫泉，元太無意中按中的按鈕讓溫泉向外流出，這時(shí)，眼前出現(xiàn)了一個(gè)洞穴，不出柯南所料，草雉劍就在這里，上面還刻有“龍”字，根據(jù)三件神器所刻的“永”“炎”“龍”，柯南推斷出了大寶石的所在，然而，取出寶石之后，卻發(fā)生了……