本堂瑛佑再次造訪毛利事務所，就在大家聚在一起討論許久未露面的歌手板垣時，來了一對父子，孩子說他曾在一座大橋上目擊到頭發像鋸子一般的板垣的尸體，還看到處理尸體的人身上有釘子紋身并且在他們的周圍還有錘子形狀的物體，小五郎認為這不過是小孩子撒謊的把戲，然而本堂通過摸他脖子上的脈搏判斷真假，這一幕讓柯南想起的水無，不禁開始懷疑本堂。之后，為了找尋更多線索，大家決定尋找這個小目擊者所說的大橋。

當晚，這名潛入醫院的黑暗組織同伙南田陸道果然展開了行動，但同時FBI也暴露了行動，南田陸道在驅車逃跑的過程中舉槍自盡，雖然柯南破壞了他的手機但他還是通過其他手段將搜集來的信息傳給了組織。既然事情發展到這種地步，轉院無疑就是在向黑暗組織昭示水無憐奈就在這里，所以只能另想對策。另一方面，英祐伺機潛入了水無憐奈的病房，并發現她早已從昏迷中蘇醒。

柯南回家后小蘭就告訴他，自從放寒假瑛祐就失去了聯系，而在此之前小蘭從他那里聽說，他好像在杯戶中央醫院找姐姐的時候發現了關于自己父親線索，柯南急忙找到茱蒂老師商量對策，并推斷出他的父親就是被黑暗組織殺掉的CIA諜報人員，隨后，柯南一行人趕到醫院向護士詢問英祐的事情，沒想到竟然還有另一個人像英祐一樣在這家醫院打聽水無憐奈的事情。

沒過多久本堂瑛佑再次找到小五郎說他在網上發現了一件有趣的事情，于是就把他們帶到了鳥矢町，沒想到竟然在這里遇見了高木和目暮警官，他們正在調查一起兇殺案，死者是住在附近的船本太太，就在大家詢問案情的期間，船本家的兒子透司說兇手是一個穿著黑衣服的外國女人，難道是黑衣組織？這時，柯南突然想起這個小男孩就是曾出現在水無憐奈車禍現場的人。

小五郎、柯南、小蘭和白鳥一行人應本城之邀，前來參加葡萄酒協會會長廣瀨的70歲壽宴。宴會開始前，柯南和小蘭兩人遇到了發生爭執的本城和赤丸，并且在搭乘纜車的時候，柯南還目睹了本城殺害赤丸的場景，于是，他迅速趕往現場，卻發現尸體早已被本城轉移。然而，品酒環節的一個紕漏，讓柯南推斷出了事情的真相，他巧妙用計將本城的罪行公之于眾。