服部打電話告訴柯南雖然沒(méi)有查到水無(wú)憐奈的過(guò)去，但是找到了關(guān)于神秘轉(zhuǎn)學(xué)生本堂英祐的事情，于是，柯南根據(jù)服部所提供的情報(bào)和阿笠博士、灰原來(lái)到了據(jù)說(shuō)有英祐父親照片的模型店店長(zhǎng)的家中，可是，店長(zhǎng)卻發(fā)現(xiàn)柯南要找的照片突然不見(jiàn)了，并且根據(jù)房中所留下的痕跡來(lái)看，柯南斷言一定有人曾入侵過(guò)這個(gè)房間。

在FBI制定作戰(zhàn)計(jì)劃的同時(shí)黑暗組織就已經(jīng)展開(kāi)了行動(dòng)，他們以南田陸道的名義寄給FBI一盆花，就在柯南推測(cè)敵人的意圖時(shí)，杯戶中央醫(yī)院突然涌來(lái)大波病患，這無(wú)疑也是黑暗組織的安排，在處理完花盆里埋的炸彈后，醫(yī)院陸續(xù)出現(xiàn)送貨員，而這些貨物全部都是黑暗組織送的炸彈，如果醫(yī)院爆炸，后果不堪設(shè)想，柯南和赤井秀一又會(huì)采取什么行動(dòng)？

服部、和葉來(lái)到東京與柯南他們賞櫻的時(shí)候，一名來(lái)自升岳寺的小和尚突然找到小五郎拜托他調(diào)查一件古怪的事情，他說(shuō)幾天前寺里來(lái)的一個(gè)女施主腹部刺傷血流遍地的倒在別館里，但當(dāng)他叫師父和警察來(lái)時(shí)，屋內(nèi)卻空空如也。于是，柯南，服部等人一同前往調(diào)查，除了在屋內(nèi)發(fā)現(xiàn)耳環(huán)固定夾再?zèng)]有別的線索，就在他們離開(kāi)之前小和尚傳久說(shuō)屋里又有女尸，待柯南趕到時(shí)，卻什么也沒(méi)有，難道這都是傳久的幻覺(jué)？

少年偵探團(tuán)和阿笠博士一起去露營(yíng)，沒(méi)想到不但迷了路就連車子也爆了胎，大家只好到深山里只住著一位老婆婆的房子借宿，隨后，又來(lái)了三個(gè)同樣因迷路而趕來(lái)過(guò)夜的三個(gè)年輕人。然而就在光彥半夜目擊到老婆婆磨刀后，三名男女中的大庭茜被人用利刃刺傷脖頸，失血過(guò)多而死，警方立刻介入調(diào)查，并在這件屋內(nèi)發(fā)現(xiàn)了多把刀具。

小五郎一行人駕車來(lái)到杯戶中央橋卻并沒(méi)有任何發(fā)現(xiàn)，這時(shí)，園子突然打來(lái)電話，小蘭從園子那里得知了板垣樂(lè)隊(duì)的標(biāo)志正是釘子，于是一行人又來(lái)到了附近的紋身店，并從顧客所留的照片中將嫌疑鎖定在三個(gè)身上，如今有關(guān)鋸子和釘子的線索都得到了解釋，那目擊者所看到的錘子又是什么呢？注意到對(duì)面的大樓后，柯南知道所謂的錘子，在他的提示下小五郎找到了兇手。回家路上，柯南洞察到了本堂瑛佑的意圖，他到底是什么人？