阿笠博士帶著少年偵探團(tuán)一起去參觀西田在家里建造的水族館時(shí)，遇到了旅行回來的西田的學(xué)生井村，他們用備用鑰匙進(jìn)了房子，沒想到光彥和元太竟然在廁所的浴缸里發(fā)現(xiàn)了西田的尸體，柯南注意到了死者脖子上的針孔、手指上的粘著劑、關(guān)閉的浴室電燈，并且還在步美的提醒下看到了水族箱里死去的蝦，這種種跡象表明西田是被人蓄意謀殺的，可是警察確認(rèn)為這是意外事件，就在他們準(zhǔn)備結(jié)案時(shí)，柯南說出了真相！

大家二次來到倉庫后發(fā)現(xiàn)了在門上方供奉著的神壇，而讓柯南更為好奇的是神壇對(duì)面的大算盤，這很可能是啟動(dòng)機(jī)關(guān)的鑰匙，仔細(xì)觀察倉庫之后，柯南發(fā)現(xiàn)了其中的蹊蹺，他叫來警察與他一起根據(jù)灰塵的多少撥動(dòng)算珠，果不其然，天花板漸漸向下移動(dòng)，警察不僅在這里找到了被盜的寶物還抓住了偷盜者，案件結(jié)束后，柯南揪出了那個(gè)一直暗中幫助元太他們的“軍師”，而這個(gè)人正是……

這個(gè)安置炸彈引起恐慌的不是別人，正是扮演無辜公民的綁著炸彈的那個(gè)男人，柯南不僅揭穿了他的身份還將他曾經(jīng)殺人的事情公之于眾，案件圓滿解決之后，柯南看到了不不明人士傳給小五郎的推理簡訊，根據(jù)目擊者所說傳簡訊的那人很可能就是面帶傷疤的赤井秀一，待柯南追出去的時(shí)候發(fā)現(xiàn)赤井已經(jīng)離開了大廈，而蓄意暗殺他的黑衣組織也因接到幕后老板的指示撤消了暗殺行動(dòng)。

就在萬由美好不容易找到自己的身份的時(shí)候卻突然逃走了，而她遺失的紙條上寫著“要知道真相就一個(gè)人來”的信息！而就在柯南追過來之后發(fā)現(xiàn)險(xiǎn)遭毒手的萬由美。在眾人調(diào)查神社時(shí)得知萬由美之前曾來過這里。晚上萬由美又再次的險(xiǎn)遭綁架，但凡人卻留下了一份借條，借此柯南推斷出了犯人的身份，而所謂的好友的身份也最終暴露出來。

日賣電視臺(tái)的特別節(jié)目《全國小島先生選手權(quán)大賽》即將開始，冠軍將會(huì)贏得一千萬元的獎(jiǎng)金和一幅價(jià)值不菲的水墨畫軸，幸運(yùn)的是元太的父親經(jīng)過層層篩選獲得了參加決賽的資格，然而，就在比賽開始之前，主辦者小島權(quán)作不知被誰推下了樓梯因而導(dǎo)致死亡，其中能夠使用這個(gè)樓梯的人就只有進(jìn)入決賽的三名小島先生，元太的父親也成為了嫌疑人之一，問題的關(guān)鍵是到底誰才是元太的爸爸？