柯南等人來(lái)到方斗寺調(diào)查會(huì)預(yù)知未來(lái)的佛像一事，因天色已晚便決定在寺院內(nèi)留宿。正當(dāng)眾人享用晚飯時(shí)，突然從房?jī)?nèi)傳出一聲慘叫，原來(lái)是正在房中念經(jīng)的住持被人殺害。毛利小五郎通過(guò)柯南在院內(nèi)找到的一些線索，推斷出了兇手的身份，然而正當(dāng)兇手跪地坦白自己的罪行時(shí)，柯南突然發(fā)現(xiàn)案件并沒(méi)有結(jié)束……

警方確定了一起寶石搶劫案的嫌疑人，嫌疑人鷹取嚴(yán)男躲在一個(gè)倉(cāng)庫(kù)里，不知為何柯南與小五郎也在場(chǎng)。警方突破倉(cāng)庫(kù)門進(jìn)入準(zhǔn)備抓捕嫌疑人時(shí)，鷹取嚴(yán)男打開事先設(shè)下的陷阱，趁現(xiàn)場(chǎng)混亂之時(shí)綁架了柯南當(dāng)做人質(zhì)逃跑。柯南在犯人車上伺機(jī)逃跑，不料卻跑進(jìn)死胡同里被抓。無(wú)奈之下柯南被帶到了一個(gè)荒廢的倉(cāng)庫(kù)里，犯人鷹取嚴(yán)男究竟想讓柯南做些什么？

這天，鐵頭、姜小牙和米小圈一起上學(xué)，當(dāng)時(shí)三個(gè)人優(yōu)哉游哉嘴里還啃著母親早上做的早餐，當(dāng)時(shí)米小圈還抱著一個(gè)大熱狗，正吃得津津有味，忽然一輛大卡車直接沖著他們?nèi)齻€(gè)人過(guò)來(lái)，當(dāng)時(shí)鐵頭和姜小牙嚇得哇哇大叫，米小圈離卡車最近，幾秒鐘的功夫，兩只眼睛一抹黑，直接栽倒在地上。等米小圈緩緩睜開眼睛，發(fā)現(xiàn)自己與死亡擦肩而過(guò)，卡車翻倒在他旁邊，恰好留下一個(gè)空隙，這個(gè)空隙中就有米小圈，真是萬(wàn)幸中的萬(wàn)幸啊，米小圈從驚懼中爬起身，不遠(yuǎn)處，鐵頭抱著姜小牙也跌倒在地，姜小牙在地上坐起，發(fā)現(xiàn)自己在鐵頭的懷抱中毫發(fā)無(wú)損，頓時(shí)感激涕零，視鐵頭如再生父母，米小圈當(dāng)場(chǎng)就語(yǔ)塞，平日里與鐵頭形影不離，關(guān)鍵時(shí)刻鐵頭卻選擇了保護(hù)姜小牙。當(dāng)天，學(xué)校便因?yàn)殍F頭英勇救人的事情引起軒然大波，作為學(xué)校有名的通訊小記者何詩(shī)雨特意來(lái)到米小圈班級(jí)采訪調(diào)查，李黎艷羨地看著何詩(shī)雨，這個(gè)全校文明的小記者，不僅有傲嬌的外貌，并且頭腦及其靈活，每次寫出的采訪稿都能夠轟動(dòng)全校，果真何詩(shī)雨采訪了米小圈班級(jí)同學(xué)，只撿對(duì)鐵頭有利的說(shuō)，用生動(dòng)形象的語(yǔ)言把鐵頭塑造成一個(gè)妥妥的小英雄。米小圈開始和鐵頭疏遠(yuǎn)，鐵頭成了名人，卻一臉不開心，好像總是一副畏首畏尾的模樣，放學(xué)了，鐵頭拉

周六早晨頓比町公園內(nèi)發(fā)現(xiàn)了命案，勒索恐嚇慣犯勝井優(yōu)死亡，逐一排查嫌疑人后廣瀨純子小姐主動(dòng)承認(rèn)了自己的罪行，但毛利小五郎卻因?yàn)榇耸聛?lái)到了警署。在案發(fā)當(dāng)天八點(diǎn)的時(shí)候毛利小五郎在米花町看到了廣瀨小姐，這一點(diǎn)讓廣瀨小姐有了不在場(chǎng)證明，但聽到毛利的陳述后廣瀨小姐卻非常驚訝，柯南得知后認(rèn)為此事并沒(méi)有那么簡(jiǎn)單。

柯南所在的班里來(lái)了一位新老師名叫若狹留美，若狹老師想在體育課前用石灰畫線，卻發(fā)現(xiàn)石灰已經(jīng)用完了。柯南告訴若狹老師舊倉(cāng)庫(kù)里可能有石灰，元太和光彥開玩笑說(shuō)舊倉(cāng)庫(kù)有幽靈出沒(méi)，若狹老師感到很害怕，便拜托少年偵探團(tuán)一同前往舊倉(cāng)庫(kù)。在尋找石灰的過(guò)程中，柯南發(fā)現(xiàn)一扇通往地下的門，眾人合力打開門后，卻驚人地發(fā)現(xiàn)了一具骸骨……