揭開(kāi)暑假序幕的星期天，阿笠博士陪著少年偵探團(tuán)看完電影后往家趕，在電車(chē)上他們看到遠(yuǎn)方的樓頂上發(fā)生了命案，但到達(dá)現(xiàn)場(chǎng)后目擊墜落的時(shí)間卻是他們看到案情發(fā)生后的10分鐘。五層的建筑不可能墜落這么長(zhǎng)時(shí)間，為了找出案情的真相柯南立即對(duì)案發(fā)的大樓展開(kāi)了調(diào)查。

和笹本小姐一起晨跑的高木警官在路上撿到了一個(gè)皮包，打開(kāi)之后里面竟是3千萬(wàn)的巨額鈔票，沒(méi)過(guò)多久鈔票的失主平沼先生便來(lái)到了警局。經(jīng)過(guò)調(diào)查之后高木警官發(fā)現(xiàn)平沼先生丟錢(qián)的時(shí)間有所出入，仔細(xì)觀察后的柯南得出了結(jié)論，平沼先生是在早上故意將錢(qián)放在路上，而他想把錢(qián)交給的則是有著晨跑習(xí)慣的笹本小姐，但他的用意卻讓眾人很困惑。

在小蘭的跆拳道社學(xué)姐鏡堂奈奈美的邀請(qǐng)下，少年偵探團(tuán)的眾人來(lái)到了鏡堂家尋找傳聞中的寶藏，非常熱衷建筑的上一代家主鏡堂征太郎在這座宅邸中設(shè)下了各式各樣的機(jī)關(guān)，而沒(méi)有入口和窗戶的暗黑之塔也是其中之一，而在奈奈美帶領(lǐng)他們?cè)谡∷奶巺⒂^時(shí)突然聽(tīng)到了女性的慘叫聲，奈奈美的母親不幸從塔上墜亡，前去調(diào)查兇手的途中灰原卻不見(jiàn)了蹤影。

以大阪發(fā)生的事件為契機(jī)，平次等人特地來(lái)到東京搜查，事件現(xiàn)場(chǎng)是一所公寓的房間，經(jīng)過(guò)柯南和平次的調(diào)查后判定這是一起自殺案件，利落解決案件的柯南等人準(zhǔn)備乘坐電梯回去時(shí)又發(fā)生了命案。乍看之下發(fā)生在眼前的是自殺案件，但柯南和平次發(fā)現(xiàn)了很多疑點(diǎn)，根據(jù)高木警官打聽(tīng)的結(jié)果，柯南等人鎖定了三名嫌疑人。

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