建太去撿球時透過窗戶發現了一個人身受重傷靠在沙發上，待大家發現后檢查傷者已經死亡。柯南不認為這是起意外事件，因為客廳里還躺著另外一名死者。經警察調查后得知受傷死者是房地產老板河合信藏，躺在地上的死者是河合以前的員工名叫柴田健介。柴田因挪用公款被河合開除，警察推測這可能是柴田的殺人動機。事件發生時河合的妻子優子正在家中二樓睡覺，沒有聽到樓下的打斗聲，這件事讓柯南起了疑心。

為了紀念戰國武將信長入主岐阜城450周年，偵探少年團和阿笠博士來到岐阜市內游玩。在光彥的提議下，眾人共同觀看了當地的英雄秀表演。表演結束后，光彥因想得到簽名而獨自返回觀看場所，然而他卻在尋找表演人員的過程中遭到綁架……與此同時，在博物館展出的信長公像也一并失竊。光彥能否獲救？柯南眾人尋盡線索，希望迅速找出幕后黑手。

一直被大家遺忘在家中的狗引起了柯南與平次的注意，二人很快就洞察了這一系列殺人事件的作案手段。平次委托村長告訴眾人他已經得知了鵺的真面目，并在庭院內為眾人重新演示了一遍案發當日的情形。在二人的推理下真相終于浮出水面，兇手成功被警方抓獲。當案件塵埃落定后，平次終于鼓起勇氣準備向和葉告白……

不分晝夜騎著巨大摩托車四處游蕩的天城達也遇害，生前給周圍居民帶來不小困擾的他遭到了人們的冷漠對待，大家都很慶幸有人殺了他。應當擔任與天城達也溝通協商的居委會會長番藤彥一死在了自己的家中，雖然現場布置成了自殺的模樣，但柯南和小五郎還是看出了端倪，這一點被咖啡廳的老板金滿豐子證實，她提出昨晚番藤根本就不會與天城見面。

受宿里村村長之邀，柯南和平次等人共同前往宿里村尋寶。到達旅店后，通過與其他幾位考古學家和歷史學家交談，他們得知在寶藏的埋藏之處曾發生過塌方事故，其中一位外國挖掘隊員在彌留之際寫下了意為“鵺”的字條，而鵺正是傳說中極為兇猛的怪獸。飯后當眾人準備回房休息，平次卻突然發現門前失火，眾人在火中看到了體型巨大的怪獸。為了一探究竟的柯南和平次在追蹤怪獸的過程中，卻發現了倒在血泊中已經喪命的歷史學家。