任務中的佐助遭到了襲擊，而襲擊他的少年竟然有著寫輪眼。收到佐助的訊息后鳴人知道這次事件的嚴重性，他和佐助約定了見面的地點后立即出發，碰巧聽到的佐良娜打算跟過去。佐良娜和悲劇女主綜合癥發作的蝶蝶一起追趕鳴人，在途中她們遭到了攻擊，襲擊她們的正是佐助遇到過的寫輪眼少年。

下忍三人小隊的分組將要在今天決定，被分到同一組的佐良娜和博人都不愿意遷就對方，木葉丸交給兩人調組申訴書，只要他們能將申訴書交到七代火影手中，就有希望重新分組。在尋找七代火影的途中他們經歷了很多波折，共同克服了困難之后他們決定留在同一組，并向七代申請了“第七班”的番號。

最近一連串的事件牽扯出了根的殘黨，佐井在秘密研究所找到了線索。與此同時，早已清楚真正犯人是誰的巳月向博人透漏了消息，但博人卻怎么也不愿相信，因為操縱暗影的竟然是他們的班長堇。在遭到佐井抓捕時堇召喚出了鵺，狂暴的鵺勢必會給村子帶來災難性的打擊，巳月接到的任務是殺掉堇從而停止鵺的活動，面對這種局面博人又會做出怎樣的選擇？

為了抓捕肆意妄為的白夜團，警務部命令下忍們在平時任務中多加留意白夜團的動向，但禁止戰斗。巖部不聽勸告前去追捕白夜團，梅塔爾在戰斗中不幸負傷，博人等人前來探病時看到電視正在播放白夜團的新聞，雖然白夜團擾亂治安但也確實有人對他們心存感激，鹿臺對此陷入了迷茫。

四代水影矢倉曾經用恐懼支配著村子，而神樂是矢倉的孫子，他一直認為自己體內流淌著劊子手的血，為此他放棄了繼承忍刀七人眾的稱號只愿輔佐長十郎，和博人相識改變了這一切。神樂下定決心繼承雙刀鲆鰈，并立志將其用于和平。但干柿尸澄真的出現讓這一切有了變數，他利用神樂的心理陰影推動反叛。