超級粉絲庵野先生看過照片之后十分確定英祐的姐姐就是水無憐奈，他還特意播放了一段水無憐奈在火災中獻血的的影像，但即便如此，英祐還是不承認這個主播就是姐姐，因為她和曾給自己輸過血的姐姐的血型不同。幾日后，英祐再次來到事務所，說自己會去奧平家取媽媽留下遺物，碰巧小五郎也正準備去那里調查一年前發生的命案，于是，一行人來到奧平家，柯南從親子手冊上確定了英祐的血型，而另一邊，小五郎也展開了調查。

小五郎受浦生良造的委托幫忙找能夠證明他清白的目擊證人，本以為小事一樁，沒想到出乎意料的困難。幾日之后，浦生良造的遺體被人發現，因為五年前他曾有過含冤被抓的經歷，因此不愿再次承受這樣痛苦的他選擇了自殺，然而，小五郎認為這是一起他殺事件，于是他聯手老友竹岡一起調查。之后，他們找到了死者的外甥京介并將他鎖定為嫌疑人，可是次日京介就死在了家里，與此同時也找到了他的不在場證明，小五郎認為這都是自己所造成的結果，于是決定摘掉事務所的招牌。

當晚，這名潛入醫院的黑暗組織同伙南田陸道果然展開了行動，但同時FBI也暴露了行動，南田陸道在驅車逃跑的過程中舉槍自盡，雖然柯南破壞了他的手機但他還是通過其他手段將搜集來的信息傳給了組織。既然事情發展到這種地步，轉院無疑就是在向黑暗組織昭示水無憐奈就在這里，所以只能另想對策。另一方面，英祐伺機潛入了水無憐奈的病房，并發現她早已從昏迷中蘇醒。

小五郎、柯南和小蘭去鐮倉看繡球花的時候遇見了一樁命案，死者是資產家矢口九衛門，警方立刻聯系了死者的兒子祿郎、明彥和公夫，分別對他們進行偵訊，發現每個人都有作案動機和嫌疑，但他們卻有不在場的證明。死者的三個兒子不但沒有為父親的死感到悲傷反而因為遺產分配問題爭吵不休，看透真相的柯南將小五郎麻醉道出老先生的死因以及一個父親的哀傷。

小蘭和園子去吃帶上小學生才能打折的巨龍之山奶油圣代。柯南覺得無聊去商場廁所時看到了高木、千葉和5歲的人質結誠佳代子的媽媽。柯南去地下停車場解救了佳代子，卻反被殺人犯大嶺良介當人質劫車帶走。小蘭找來了毛利小五郞救柯南。車上，柯南得知大嶺在涉谷開搶殺了柔道黑段、經常拖欠工人工資而引發金錢糾紛的恩田和美。原因是替開發過許多游戲卻沒得到應得數目的工資的朋友金山報仇。柯南企圖逃走，黑暗中有人對柯南開槍，大嶺救了柯南，柯南找來阿笠博士幫忙掩護。在毛利的調查中，幕后嫌疑人有三個。。。