這個(gè)從天而降死亡的人是江源，但從領(lǐng)結(jié)和皮帶等細(xì)節(jié)可以看出暗夜公爵并不是江源，警察去江源房間搜查時(shí)，發(fā)現(xiàn)房門(mén)居然上有防盜鎖，兇手把江源推下后是怎么逃脫的？在警察對(duì)其他人偵訊時(shí)，暗夜公爵將看守江源尸體的空手道高手打昏，還出現(xiàn)在了柯南、小蘭和佐山面前，并完全躲開(kāi)了小蘭攻擊，難道說(shuō)兇手就是……

柯南和伙伴們?nèi)ッ佬g(shù)館時(shí)撿到了一張畫(huà)有奇怪符號(hào)的紙，大家自行成立少年偵探團(tuán)去調(diào)查這些暗號(hào)，按照符號(hào)的指示先到達(dá)東京塔，在周?chē)归_(kāi)偵查卻一無(wú)所獲，休息的時(shí)候步美的新發(fā)現(xiàn)為柯南找到破解暗號(hào)的出口，大家一路尋找從東京鐵塔到南部水族館的標(biāo)記，然而，事情并非那樣順利，柯南能破解暗號(hào)嗎？暗中跟蹤少年偵探團(tuán)的黑衣人又是誰(shuí)？

小五郎的學(xué)長(zhǎng)寺岡請(qǐng)他們吃烤肉的時(shí)候，突然接到一個(gè)名叫松山的人的電話，為勸說(shuō)此人回歸正道，寺岡匆忙趕去約見(jiàn)的碼頭，小五郎也要求一同前往，小蘭和柯南尾隨其后，到達(dá)碼頭后，寺岡單獨(dú)去見(jiàn)松山，可不一會(huì)兒，大家就聽(tīng)到了槍聲，松山因手槍走火意外死亡。暮目警官說(shuō)手槍上除了寺岡和松山還有第三個(gè)人的指紋，柯南仔細(xì)思考之后，斷定這枚指紋就是讓犯人認(rèn)罪的完美證據(jù)。

毛利小五郎受古董收藏家丸傳次郎之托，調(diào)查他太太丸稻子是否有外遇。結(jié)果遇到傳次郎有客人來(lái)拜訪。但是兩三個(gè)小時(shí)過(guò)去后仍然不見(jiàn)傳次郎的蹤影，在進(jìn)入的房間后發(fā)現(xiàn)傳次郎已經(jīng)被殺害！而房間的墻壁上也不滿了劍痕。經(jīng)過(guò)調(diào)查后犯罪嫌疑人鎖定在了在小五郎之前來(lái)拜訪傳次郎的客人中。最終通過(guò)勘察現(xiàn)場(chǎng)柯南發(fā)現(xiàn)了死者留下了死亡訊息并最終找出了犯人。

關(guān)西的名高中生偵探服部平次，為了合氣道比賽而來(lái)到帝丹高中。工藤新一與平次雖然沒(méi)見(jiàn)過(guò)彼此，在心里卻把對(duì)方當(dāng)成對(duì)手，可是表面上又裝出完全不在乎對(duì)方的樣子。後來(lái)平次在去帝丹高中的路上碰到搶匪，與毛利蘭一起在回家途中的新一，也一起幫忙追搶匪。後來(lái)是靠新一踢足球擊中搶匪，不過(guò)也同時(shí)打破一間民宅的玻璃，而里面還傳出女人的凄厲尖叫聲...