阿笠博士的朋友加納照也由于近日就要搬家的緣故，所以計(jì)劃將用不到的東西送給朋友，柯南等人在這里遇到了加納在愛犬協(xié)會的朋友綱島吉雄、土佐林和蓮木志乃，就在大家思考要帶什么東西回家作紀(jì)念的時(shí)候，加納家飼養(yǎng)的一只小狗道爾不見了，后來大家在焚化爐里找到道爾脖子上的項(xiàng)圈，但幸運(yùn)的是焚化爐里并未發(fā)現(xiàn)狗的骨骸，那么，道爾到底被歹徒藏在哪里了？他又打算怎么帶走道爾呢？

看著奄奄一息的柯南，步美建議大家自己想辦法，三人按照石頭上的文字推斷出了出口方位又利用蝙蝠逃出了洞穴，歹徒也遭到逮捕。緊接著柯南被立刻送到醫(yī)院進(jìn)行治療，又在小蘭碰巧知道血型的情況下給他輸了血，小蘭最近的奇怪反應(yīng)讓柯南意識到自己的身份或許已經(jīng)在小蘭面前暴露，就在他打算向小蘭坦白時(shí)，灰原拿槍對準(zhǔn)柯南。

少年偵探團(tuán)在公園看到了可疑的男人。他們知道那個(gè)男人是為了向綁架燕秋夫的犯人交贖金的之后，來到了燕宅。原來燕財(cái)閥的孫子秋夫被人綁架了。在看了秋夫的畫之后柯南發(fā)現(xiàn)秋夫有留下畫畫地方特征的習(xí)慣，尋找秋夫畫里留下的訊息成了關(guān)鍵所在。在少年偵探團(tuán)的各位的齊心協(xié)力下終于找到綁架秋夫的嫌疑犯的地方并成功救出了秋夫。

小蘭發(fā)現(xiàn)“影秋村”的村長船木也被殺害。柯南發(fā)現(xiàn)矢部賬戶每月固定打入的匯款，在詢問了駒井關(guān)于7年的事故之后確定了這次的殺人事件與七年前BONNET公交車發(fā)生的事故有關(guān)。在拜托教授調(diào)查了事故之后柯南發(fā)現(xiàn)兇手的身份并發(fā)現(xiàn)兇手欲重演悲劇，他獨(dú)自登上觀光車與犯人對峙阻止了悲劇的發(fā)生。

在收集線索時(shí)，柯南并沒有像以前一樣提出很多的質(zhì)疑，反而竭盡全力的反駁服部的推測，之后他們在某個(gè)房間里發(fā)現(xiàn)了本不該出現(xiàn)在這里的拖把，有了這樣?xùn)|西，兇手的犯案手法就完全被破解了，但柯南仍然不甘心自己的這種猜測，于是他想要找到能推翻自己想法的證據(jù)，然而，事與愿違，越是深究事情就越是向自己不愿承認(rèn)的方向發(fā)展，面對如此不可置信的真相，柯南又該作何選擇？