外出露營(yíng)的少年偵探團(tuán)為了避雨來(lái)到了一棟別墅，別墅內(nèi)的男傭人告訴大家最近房間內(nèi)有幽靈出現(xiàn)。在交談中，柯南等人得知?jiǎng)e墅的女主人不久前剛剛?cè)ナ溃兄魅藙t認(rèn)為幽靈是女主人回到了家中。關(guān)于出現(xiàn)幽靈一事，女傭人似乎顯得十分不適，而男主人的侄子似乎行跡也有些奇怪。柯南察覺(jué)到幽靈之事必有蹊蹺，決心與少年偵探團(tuán)一同查明真相。

小五郎竟然拒絕去看沖野洋子主演的新電影，原因是這部電影的原型很像他和妃英理，正當(dāng)他們爭(zhēng)論的時(shí)候小蘭接到了一個(gè)聊天軟件的申請(qǐng)，同意后小蘭竟然收到了媽媽妃英理的求救，就在他們疑惑的時(shí)候另一個(gè)相同的賬號(hào)也加入了聊天，柯南一眼看出妃英理遇到了危險(xiǎn)，而犯人正在擾亂他們的判斷。

建太去撿球時(shí)透過(guò)窗戶發(fā)現(xiàn)了一個(gè)人身受重傷靠在沙發(fā)上，待大家發(fā)現(xiàn)后檢查傷者已經(jīng)死亡。柯南不認(rèn)為這是起意外事件，因?yàn)榭蛷d里還躺著另外一名死者。經(jīng)警察調(diào)查后得知受傷死者是房地產(chǎn)老板河合信藏，躺在地上的死者是河合以前的員工名叫柴田健介。柴田因挪用公款被河合開(kāi)除，警察推測(cè)這可能是柴田的殺人動(dòng)機(jī)。事件發(fā)生時(shí)河合的妻子優(yōu)子正在家中二樓睡覺(jué)，沒(méi)有聽(tīng)到樓下的打斗聲，這件事讓柯南起了疑心。

千葉警官在警局四處詢問(wèn)有關(guān)“不明飛行物”的線索，卻毫無(wú)所獲，這天他回到家，收到了聲稱是自己宇宙第一大粉絲的人寄來(lái)的神秘郵件。在另一邊，名為和田陽(yáng)奈的女高中生來(lái)到毛利事務(wù)所，委托小五郎調(diào)查杯戶公園“UFO”一事。杯戶公園隔壁的杯戶高中發(fā)生殺人案件，這兩者是否有聯(lián)系？

柯南所在的班里來(lái)了一位新老師名叫若狹留美，若狹老師想在體育課前用石灰畫(huà)線，卻發(fā)現(xiàn)石灰已經(jīng)用完了。柯南告訴若狹老師舊倉(cāng)庫(kù)里可能有石灰，元太和光彥開(kāi)玩笑說(shuō)舊倉(cāng)庫(kù)有幽靈出沒(méi)，若狹老師感到很害怕，便拜托少年偵探團(tuán)一同前往舊倉(cāng)庫(kù)。在尋找石灰的過(guò)程中，柯南發(fā)現(xiàn)一扇通往地下的門，眾人合力打開(kāi)門后，卻驚人地發(fā)現(xiàn)了一具骸骨……